Capitolo 2 - Omero

‣ Determinazione della struttura primaria di unaproteina La struttura primaria delle proteine può esseredeterminata utilizzando la degradazione di Edman.Questa tecnica permette di rimuovere ed identificareun residuo amminoacidico alla volta a partiredall'estremità N-terminale della proteina. Il metodo di degradazione di Edman comporta iltrattamento del polipeptide con fenilisotiocianato(PITC), che reagisce con l'estremità N-terminalelibera della catena polipeptidica formando unfeniltiocarbammilderivato o PTC-derivato. La reazioneavviene in condizioni di pH basico (circa pH 9).Quando il PTC-derivato viene trattato con un acidoanidro, quale l'acido trifluoroacetico, il legamepeptidico tra l'amminoacido N-terminale e il secondoamminoacido viene scisso liberando il derivato 2-anilino 5-tiazolinonico del residuo N-terminale e unpolipeptide con un amminoacido in meno. Il derivato tiazolinonico, chimicamente instabile,viene separato dal polipeptide e convertito, mediantetrattamento con un acido diluito, in un derivato piùstabile: il feniltioidantoin-derivato (PTHaminoacido),che viene identificato in RP-HPLC. La rimanente catena polipeptidica, più corta di unresiduo, viene nuovamente sottoposta ad un altrociclo di degradazione di Edman.