ESERCITAZIONI DI STATISTICA BIOMEDICA

11 Analisi genomica 237
11.1 Bioconductor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
11.2 Frequenze dei nucleotidi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238
Esempio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238
11.3 Trascrizione e traduzione di sequenze di DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241
11.4 Mappe di restrizione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Esempio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
11.5 Allineamento di sequenze . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
11.5.1 Evoluzione di sequenze genetiche e allineamento . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
11.5.2 Score di un allineamento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 246
Esempio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 246
Esempio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
12 Tecniche bootstrap e metodi Monte Carlo 249
12.1 Applicazione: media campione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250
12.2 Intervallo di confidenza di un parametro . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 251
Esempio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 252
12.3 Applicazione: regressione resistente . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 253
12.4 Gibbs sampling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 254
Esempio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255
12.4.1 Gibbs sampling e Statistica bayesiana . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256
Esempio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 257
A Una breve introduzione ai comandi di R 259
A.1 Perché usare R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259
A.2 ... e perché non usarlo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259
A.3 Le basi di R: l’help . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259
A.4 Le basi di R: l’assegnamento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 259
A.5 Le basi di R: operatori e funzioni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260
A.6 Le basi di R: i vettori . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260
A.7 Le basi di R: le matrici . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 260
A.8 Le basi di R: le liste . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261
A.9 Le basi di R: importare dati da un file . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261
A.10 Importare e modificare una tabella di dati . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261
A.11 Le sequenze numeriche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262
A.12 I fattori . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262
A.13 Estrarre e selezionare dati . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262
B GNU Free Documentation License 265
2. VERBATIM COPYING . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266
3. COPYING IN QUANTITY . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266
C History 271
Indice analitico 274
Bibliografia 279