Dragoş Lucian Gorgan - Editura Bioflux

More documents

Recommendations

Info

Autor: Dragoş Lucian Gorgan Referenţi ştiinţifici: Prof. univ. dr. Vlad Artenie Cercetător dr. Ioan Valentin Petrescu-Mag Director editură: Dr. Ioan Valentin Petrescu-Mag Consilier editorial: Dr. Ruxandra Mălina Petrescu-Mag Editura: Bioflux, Cluj-Napoca, 2008 ISBN 978-973-88929-9-6
CUPRINS INTRODUCERE.............................................................................................................4 1. DEFINIŢIA ŞI CARACTERISTICILE POPULAŢIEI.................................................6 1.1. Metode utilizate în studiul genetic al populaţiilor............................................13 2. ASPECTE PRIVIND FILIAŢIA ŞI DIVERSITATEA MOLECULARĂ......................15 2.1. Importanţa biologiei molecular în indicarea direcţiilor evolutive……………...15 2.2. Rolul ADN mitocondrial (ADNmt)……………………………………………......16 2.3. Aspecte ale evoluţiei moleculare………………………………………………...16 2.3.1. Evoluţia secvenţelor nucleotidice şi proteice……………………………..16 2.3.2. Metode de deducere a direcţiilor de filiaţie, pornind de la date moleculare……………………………………………………………………17 2.3.3. Evoluţia secvenţelor de aminoacizi………………………………………..18 2.3.4. Mutaţiile şi rata de substituţie a aminoacizilor……………………………22 2.4. Tipuri de modificări la nivelul macromoleculei de ADN……………………….24 2.4.1. Diferenţe nucleotidice între secvenţe……………………………………...25 2.4.2. Modele de evoluţie ale secvenţelor nucleotidice…………………………26 2.4.3. Estimarea numărului de substituţii nucleotidice………………………….30 2.4.3.1. Modelul Jukes-Cantor…………………………………………..30 2.4.3.2. Modelul Kimura cu 2 parametri………………………………..31 2.4.3.3. Modelul Tajima-Nei……………………………………………..31 2.4.3.4. Modelul Tamura-Nei…………………………………………….32 2.4.3.5. Madelul Tamura…………………………………………………32 2.4.3.6. Distanţe Gamma………………………………………………...34 2.4.4. Estimarea numerică a distanţelor evolutive………………………………34 2.5. Arbori filogenetici………………………………………………………………….35 2.5.1. Arbori ai genelor şi arbori ai speciilor……………………………………...36 2.5.2. Metode de reconstruire a arborilor filogenetici…………………………...38 2.5.2.1. Metode bazate pe distanţe……………………………………..38 2.5.2.2. Metoda evoluţiei minime (ME)…………………………………41 2.5.2.3. Metoda Neighbor-Joining (NJ)…………………………………41 2.5.2.4. Alegerea tipului de distanţă evolutivă folosită în reconstrucţiile filogenetice…………………………………………………………….46 2.5.2.5. Metoda Maximum Parsimony (MP)…………………………...47 2.5.2.6. Varianţa şi covarianţa bootstrap (replicărilor repetate)……..48 2.6. Situsuri informative şi homoplazia……………………………………………….49 2.7. Strategii de căutare a filogeniei MP……………………….…………………….51 2.8. Metode ML (Maximum Likelihood)………………………………………………52 3. METODOLOGIA DE OBŢINERE A SECVENŢELOR NUCLEOTIDICE………….55 3.1. Determinare unor parametri şi indici fenotipici………………………………...55 3.2. Protocolul de extracţie al ADN total din ţesut muscular………………………57 3.2.1. Prelucrarea statistică a datelor obţinute din extracţia ADN……………..59 3.2.1.1. Estimarea valorilor medii ale populaţiilor şi stabilirea intervalelor de variabilitate…………………………………………...59 1
Page 1: Dragoş Lucian Gorgan INTRODUCERE
Page 5 and 6: 4.5.6. Rela ii filogenetice în cad
Page 7 and 8: Apariţia geneticii populaţiilor p
Page 9 and 10: Pe lângă avantajul unei imense va
Page 11 and 12: problematica majoră a biochimiei s
Page 13 and 14: complet, de gene dispersate în lun
Page 15 and 16: perechi de cromosomi acrocentrici r
Page 17 and 18: CAPITOLUL 2 ASPECTE PRIVIND FILIAŢ
Page 19 and 20: (Benson, 2005). Această explozie s
Page 21 and 22: diferiţi (nd). Daca secvenţele al
Page 23 and 24: Forma distribuţiei f(r) este dată
Page 25 and 26: stabilizatoare. Doar când mutaţia
Page 27 and 28: epetitive şi secvenţe de inserţi
Page 29 and 30: µ ( aC b G c T ) µg A µh A
Page 31 and 32: Modelul K2P poate fi generalizat pe
Page 33 and 34: 8rt / 3 1 e 3 q 1 . 4 În cazul
Page 35 and 36: Dacă considerăm un caz în care n
Page 37 and 38: corespunzătoare. De asemeni este p
Page 39 and 40: dg1 t0 dg2 -t1 dg3 -t2 sp -t3 A a b
Page 41 and 42: cazul în care frecvenţa genelor e
Page 43 and 44: 2.5.2.2. METODA EVOLUŢIEI MINIME (
Page 45 and 46: Figura 9 Arbore filogenetic în for
Page 47 and 48: Figura 12 Separarea taxonilor 5 şi
Page 49 and 50: imunoglobulinelor unde regiunile va
Page 51 and 52: x11 x12 x12 x14 x15.....x1n-1 x21 x
Page 53 and 54:
este informativ. Pentru situsul 5,
Page 55 and 56:
nod intern este de asemeni posibil
Page 57 and 58:
CAPITOLUL 3 METODOLOGIA DE OBŢINER
Page 59 and 60:
3.2. PROTOCOLUL DE EXTRACŢIE AL AD
Page 61 and 62:
interval de timp sedimentele nu sun
Page 63 and 64:
SS SS SS SS SS ext c r i int SS
Page 65 and 66:
astfel încât să fie realizată
Page 67 and 68:
500 perechi de baze (pb) nu necesit
Page 69 and 70:
Tabel 6 - Compoziţia mediului de r
Page 71 and 72:
Tabel 9 - Compoziţia mediului de r
Page 73 and 74:
astfel de gel, necesită o cantitat
Page 75 and 76:
Cuantificarea se face prin comparar
Page 77 and 78:
3.7.2. REACŢIA DE SECVENŢIERE A R
Page 79 and 80:
CAPITOLUL 4 STUDIUL RELAŢIILOR FIL
Page 81 and 82:
Populaţia Nr.crt. Lt (cm) Ls (cm)
Page 83 and 84:
Populaţia Nr. crt. Lt (cm) Ls (cm)
Page 85 and 86:
Moleculară a Facultăţii de Ştii
Page 87 and 88:
În cazul regiunii de control mitoc
Page 89 and 90:
4.3. CUANTIFICAREA PRODUŞILOR PCR
Page 91 and 92:
Tabel 19 Estimarea cantităţilor d
Page 93 and 94:
Figura 34 Electroforeză în gel de
Page 95 and 96:
Se poate observa din Tabelul 22 că
Page 97 and 98:
Tabel 24 Estimarea cantităţilor d
Page 99 and 100:
Tabel 25 Procentele de similaritate
Page 101 and 102:
Referitor la cantitatea de adenină
Page 103 and 104:
Greutate molecular ă (Daltoni) Num
Page 105 and 106:
existenţa a doi codoni stop (nota
Page 107 and 108:
Tabel 30 Compoziţia lanţului poli
Page 109 and 110:
4.5.5. CARACTERIZAREA HAPLOTIPULUI
Page 111 and 112:
Figura 46 Curba de titrare pentru l
Page 113 and 114:
Cy04I Cy03M Cy01I Cy01M Cy02I Cy04M
Page 115 and 116:
4.6. COMPARAREA SECVENŢELOR NUCLEO
Page 117 and 118:
% 40 35 30 25 20 15 10 5 0 A G T C
Page 119 and 120:
în acest caz, între ARNm din hapl
Page 121 and 122:
Cy09M Cy10M Cy08M Cy07M Cy04M Cy03M
Page 123 and 124:
Cy07I Cy02M Cy05M Cy07M Cy09M Cy05I
Page 125 and 126:
Din Tabelul 37 şi Figurile 55 şi
Page 127 and 128:
o sarcină electrică de -0,49 (la
Page 129 and 130:
4.7.2. RELAŢII FILOGENETICE ÎN CA
Page 131 and 132:
Cy04I Cy06I Cy02I Cy02M Cy09I Cy05M
Page 133 and 134:
caz, este cea în care, hibridul ob
Page 135 and 136:
% 30 25 20 15 10 5 0 A G T C CagIMY
Page 137 and 138:
Tabel 42 Compoziţia lanţului poli
Page 139 and 140:
4.8.2. CARACTERIZAREA HAPLOTIPULUI
Page 141 and 142:
Cag09M Cag10M Cag08M Cag07M Cag06M
Page 143 and 144:
CaxCy Cag03M Cag01I Ccaras Cag07I C
Page 145 and 146:
Page 147 and 148:
% 40 35 30 25 20 15 10 5 0 A G T C
Page 149 and 150:
Astfel şi în acest caz, au fost u
Page 151 and 152:
Cag04I Ccaras Cag03I CaxCy Cag10M C
Page 153 and 154:
Page 155 and 156:
timină, are valori cuprinse între
Page 157 and 158:
Figura 81 Curba de titrare pentru l
Page 159 and 160:
CAXCY CCARAS CAXCYXCC CAG01I CAG02I
Page 161 and 162:
gen, cu decelarea speciilor de orig
Page 163 and 164:
Cag03I Cag01M Cag07M Cag06I Cag05I
Page 165 and 166:
Cag09M Cag10M Cag08M Cag07M Cag06M
Page 167 and 168:
Cag01I Cag02M Cag03I Cag05M Cag10M
Page 169 and 170:
Cag03M Cag04M Cag02M Cag01M Cag10I
Page 171 and 172:
BIBLIOGRAFIE 1. ABILOCK MARIA, STEP
Page 173 and 174:
31. BLOOMER P., IMPSON N. D., 2000
Page 175 and 176:
68. COSNER M., JANSEN R., MORET B.,
Page 177 and 178:
107. GORGAN D. L., BĂRA I. I., 200
Page 179 and 180:
144. KIDD K. K., SGARAMELLA-ZONTA L
Page 181 and 182:
182. MARTIN A., 2001 - The phylogen
Page 183 and 184:
216. NEI M., GU X., SITNIKOVA T., 1
Page 185 and 186:
255. RAICU P., TAISESCU ELENA, CRIS
Page 187 and 188:
295. TAKEZAKI N., GOJOBORI T, 1999
Page 189:
333. ZHANG H., OKAMOTO N., IKEDA Y.
show all

Dragoş Lucian Gorgan - Editura Bioflux

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?