Dragoş Lucian Gorgan - Editura Bioflux

3 1 1 1
µ µ µ µ
4 4 4 4
1 3 1 1
µ µ µ µ
4 4 4 4
1 1 3 1
µ µ µ µ
4 4 4 4
1 1 1 3
µ µ µ µ
4 4 4 4
iar dacă combinăm frecvenţa bazelor şi rata de substituţie într-un singur parametru
µ / 4 se obţine o formă mai simplă. Acest parametru reprezintă probabilitatea
schimbării unui nucleotid în oricare altul :
3
3
3
3
Un alt model utilizat frecvent este cel al lui Kimura cu 2 parametri propus în 1980
(K2P). El ia în calcul observaţia că tranziţiile şi transversiile au loc cu rate diferite, însă
în continuare admite o frecvenţă egală a bazelor. Deci a = c = d = f =1 şi b = e = k
obţinându-se:
1
1
1
1
µ ( k 2)
µ µk
µ
4
4
4
4
1 1
1
1
µ µ ( k 2)
µ µk
4 4
4
4
1
1 1
1
µk
µ µ ( k 2)
µ
4
4 4
4
1
1
1 1
µ µk
µ µ ( k 2)
4
4
4 4
Dacă avem rata tranziţiilor de µk / 4 şi cea a transversiilor de µ / 4
matricea de mai sus poate fi rescrisă ca :
2
2
2
2
În matricea de mai sus k / reprezintă un indice ce arată predominanţa
tranziţiilor asupra transversiilor. Dacă k = 1, adică modelul K2P se reduce la
cel JC.
28