Ülegenoomne assotsiatsiooniuuring kubemesonga geneetiliste ...
Ülegenoomne assotsiatsiooniuuring kubemesonga geneetiliste ...
Ülegenoomne assotsiatsiooniuuring kubemesonga geneetiliste ...
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
dest. Näiteks Illumina HumanOmniExpress beadchip võimaldab kasutada üheaegselt<br />
rohkem kui 700 000 markerit genoomi katmiseks (Illumina Inc. http://www.illumina.com).<br />
Ülegenoomsete <strong>assotsiatsiooniuuring</strong>ute läbiviimisel kasutatakse SNP-de genotüpiseerimisel<br />
meetodeid, mis teostatakse standartiseeritud protokollide järgi kasutades kommertsiaalseid<br />
ülegenoomseid kiipe (näiteks Illumina Inc. http://www.illumina.com; Affymetrix Inc.<br />
http://www.affymetrix.com).<br />
3.2.2 Markerite imputatsioon<br />
Markerite imputatsiooni all mõistetakse genotüüpide ennustamist, mida ei ole indiviididel<br />
genotüpiseeritud. Need, in silico markerid, suurendavad SNP-de arvu, mida testitatakse<br />
GWAS-i käigus (Marchini ja Howie, 2010). Imputeerimiseks kasutatakse ülegenoomset<br />
genotüpiseeritud markereid. Need andmed haplotüpiseeritakse ning nende vahele jäävate<br />
puuduolevate markerite genotüübid ennustatakse kasutades olemasolevaid<br />
referentshaplotüüpe. Nii saavutatakse tihedam markerite katvus, kasutades nii<br />
genotüpiseeritud kui imputeeritud markereid ja see aitab assotsiatsioonianalüüsis parandada<br />
<strong>geneetiliste</strong> assotsiatsioonide leidmise tõenäosust (Marchini ja Howie, 2010).<br />
Üheks imputatsiooni teostamise programmiks on IMPUTE. See programm kasutab<br />
haplotüpiseerimiseks HM mudelit (Hidden Markov Model, HMM) ja võimaldab<br />
kombineerida referentspaneelidena erinevaid haplotüüpide referentse, näiteks 1000 Genome<br />
Project, HapMap2 ja HapMap3 (Marchini ja Howie, 2010).<br />
3.2.3 Populatsiooni geneetiline stratifikatsioon<br />
Populatsiooni stratifikatsioon on alleelisageduste erinevus juhtude ja kontrollide vahel, mis<br />
on põhjustatud nende erinevast päritolust (Freedman et al., 2004). Suurte valimite korral on<br />
vaja kontrollida populatsiooni geneetilist stratifikatsiooni, mida nimetatakse ka<br />
populatsiooni struktuuriks (Knowler et al., 1988). Juhul, kui juhud ja kontrollid on<br />
komplekteeritud sisemiselt struktueeritud populatsioonist, võib <strong>assotsiatsiooniuuring</strong> anda<br />
vale-positiivseid assotsiatsioone (Marchini et al ., 2004).<br />
Üheks meetodiks geneetilise stratifikatsiooni hindamiseks on genoomse kontrolli meetod<br />
(Genomic Control) (Devlin ja Roeder, 1999). Genoomse kontrolli meetod eeldab, et juhud ja<br />
kontrollid on võetud samast populatsioonist ning markerite alleelisagedused varieeruvad<br />
juhtude ja kontrollide vahel juhuslikult. See annab võimaluse eeldada, et korrektsioonifaktor<br />
λ väärtus jääb terve genoomi ulatuses muutumatuks. Korrektsioonifaktor λ arvutatakse kui<br />
mediaan χ2 statistiku väärtustest jagatuna eeldatava χ2 statistiku jaotuse mediaanväärtusega<br />
14
Change language