Ülegenoomne assotsiatsiooniuuring kubemesonga geneetiliste ...

3. Hardy – Weinbergi tasakaalustatus (Hardy-Weinbergi equilibrium, HWE),
4. indiviidide vaheline sugulus
5. genotüübi põhjal leitud soo mitte-kokkulangevus Eesti Geenivaramu proovi feotüübi
informatsiooniga.
Analüüsidest jäeti välja indiviidid kelle CR oli alla 95%. Samuti jäeti välja SNP-d mille CR
oli alla 95%, MAF alla 1% ning HWE testi p-väärtus alla 10 -5 . Lähisugulaste tuvastamiseks
hinnati ühiste alleelide osakaalu genoomis (Identity By State, IBS) ning selle põhjal
ennustati iga paari jaoks päritolult identsete (Identical by Descent, IBD) osakaalu.
Sugulaspaaridest, kus IBD osakaal oli suurem või võrdne 10% (PIHAT ≥ 0.1) genoomist,
eemaldati üks sugulastest. Välja jäeti ka indiviidid kelle raporteeritud fenotüübi sugu ei
vastanud geneetiliste andmete põhjal ennustatud soole. Genotüpiseeritud 3851 indiviidist
läbis kvaliteedikontrolli 427 haigusjuhtu ja 3424 kontrollindiviidi ning kokku 733 202 SNP-
d. Andmete kvaliteedi hindamine ning filtreerimine teostati programmiga PLINK (Purcell et
al. 2007).
5.4 Imputeerimine
Kromosoomide imputeerimiseks konverteeriti LINKAGE formaadis
genotüpiseerimisandmed IMPUTE formaati kasutades tööriista GTOOL
(http://www.well.ox.ac.uk/~cfreeman/software/gwas/gtool.html). Imputeerimiseks kasutati
IMPUTE v2 programmi (http://mathgen.stats.ox.ac.uk/impute/impute_v2.html) ning
referentsgenoomi 1000 Genome projekti andmeid (http://www.1000genomes.org), et
imputeerida SNP-d, mida polnud Illumina HumanOmniExpress kiibil. Peale imputeerimist
filtreeriti markerid minoorse alleeli sageduse (MAF ≥ 5%) ja imputeerimise kvaliteeti
hindava parameetri proper_info väärtus ≥ 0.8 alusel, mis andis kokku tulemuseks 8 178 592
imputeeritud markerit. Genotüpiseeritud ja imputeeritud markerite kombineerimine andis
ülegenoomseks markerite arvuks 8 911 794 SNP-d.
Imputeerimise referentsina kasutati kõikidest kohortides koostatud 1000 Genoomi Projekti
1094 indiviidi haplotüüpe (1000 Genome Project freeze from 23 nov 2010).
5.5 Assotsiatsioonianalüüs
Analüüsimaks geneetiliste variantide mõju kubemesongale, kasutati logistilise regressiooni
mudelit programmis SNPTEST v2
(https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/snptest/snptest.html). Markereid analüüsiti
kasutades alleeliefektide aditiivset mudelit. Analüüsis kasutati kovariaatidena vanust ja
20