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Liste des figures
Figure 1 Réplication par cercle roulant ........................................................................................................... 12
Figure 2 Organisation d’une protéine Rep. ..................................................................................................... 12
Figure 3 Organisation d’un opéron par et implication dans la partition ......................................................... 17
Figure 4 Arbre phylogénétique des trois domaines du vivant basé sur ADNr16S ........................................... 24
Figure 5 Arbre phylogénétique des Archaea basé sur la séquence de l'ADNr16S........................................... 26
Figure 6 Arbre phylogénétique de l'ADNr16S des Thermococcales ................................................................ 31
Figure 7 Répartition des ORFs homologues entre génomes de Pyrococcus ................................................... 35
Figure 8 Sites de recombinaison des différentes familles de recombinases ................................................... 49
Figure 9 Modèle de l’Intégration et de l’excision du virus SSV1 ..................................................................... 51
Figure 10 Profils d'intégration des éléments intégrés d'Archaea .................................................................... 52
Figure 11 Représentation schématique d'un champs d'un système CRISPR ................................................... 66
Figure 12 Effet de l'acquisition d'un spacer d'origine phagique dans un système CRISPR .............................. 69
Figure 13 Mécanisme hypothétique de fonctionnement du système CRISPR ................................................ 70
Figure 14 Origine géographique des isolats étudiés ....................................................................................... 74
Figure 15 Schéma d’un nébuliseur .................................................................................................................. 79
Figure 16 Carte de restriction du vecteur de pUC19 ....................................................................................... 80
Figure 17 Principe de l’hybridation compétitive sur puce à ADN .................................................................... 94
Figure 18 Capture d’écran de traitement des signaux d’hybridation d’une puce à ADN .............................. 100
Figure 19 Hybridation avec la sonde pAMT40 ............................................................................................... 105
Figure 20 Phylogénie des Thermococcales basée sur le gène codant l'ADNr16S ......................................... 108
Figure 21 Biais en nucléotides des plasmides pIRI33, pIRI48, pCIR10, pAMT7 et pEXT9a ............................ 110
Figure 22 Génomique comparée des plasmides pIRI48, pCIR10, pEXT9a, pIRI33, pAMT7 et PAV1 .............. 111
Figure 23 Organisation de l'opéron contenant les gènes conservés de pIRI48, pCIR10, pAMT7, pIRI33 et
pAMT7 ........................................................................................................................................................... 113
Figure 24 Analyse de la séquence protéique des hélicases UvrD codées par les plasmides pIRI48, pCIR10,
pEXT9a, pIRI33 et pAMT7. ............................................................................................................................. 115
Figure 25 Phylogénie des hélicases UvrD ...................................................................................................... 117
Figure 26 Représentation web logo .............................................................................................................. 118
Figure 27 Organisation des ORFs conservés entre pEXT9a et pAMT7 .......................................................... 121
Figure 28 Phylogénie de l'ORF7 de pIRI33 ..................................................................................................... 123
Figure 29 Comparaison du génome de pAMT11 et de la région TKV1 .......................................................... 130
Figure 30 Génomique comparée des homologues de l'ORF23 de pAMT11 .................................................. 134
Figure 31 Alignement des protéines Rep de pAMT11 et pRT1...................................................................... 135
Figure 32 Organisation des motifs fonctionnels de la protéine Rep. ............................................................ 136