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REMERCIEMENTS
Le travail présenté a été réalisé à l’Institut Universitaire Européen de la Mer avec le soutien
financier du conseil régional de Bretagne. En préambule, je souhaite dédier ce travail en mémoire
de Wolfram Zillig, un pionnier de l’étude des Archaea. Il a toutefois su transmettre sa passion et
sa curiosité afin que des générations d’étudiants et de scientifiques prennent la suite de ses
travaux fondateurs.
Je tiens tout d’abord à remercier Daniel Prieur, mon Directeur de Thèse, de m’avoir donné
l’opportunité de faire une thèse sur un sujet passionnant, de m’avoir fait confiance tout au long
de ces années, de m’avoir encouragé dans mes travaux et de m’avoir permis de les présenter à
différents congrès internationaux. Je lui suis également très reconnaissant de m’avoir donné
l’occasion de participer à la campagne océanographique Sweep Vents, invité par Ken Takaï du
JAMSTEC. Je le remercie particulièrement de m‘avoir offert l’extraordinaire expérience d’une
plongée à 2000m dans le Pacifique Sud m’ayant permis d’observer les cheminées hydrothermales
à travers le hublot du bathyscaphe Shinkaï6500 et de découvrir le biotope du grand Cthulhu. A ce
titre je remercie les membres du LM2E avec qui j’ai partagé cette expérience : Jean‐Louis pour sa
bonne humeur, ses coups de gueule et son grand cœur, Joël pour ses discussions passionnantes et
Valérie pour toutes les pauses que nous avons partagées. Je souhaite également avoir une pensée
posthume envers Jacques Piccard, l’explorateur des abysses qui nous a quitté durant la rédaction
de ce manuscrit.
Je voudrai également remercier Marc le Romancer, mon responsable scientifique, d’avoir canalisé
mon énergie et de m’avoir impliqué dans des projets tels que l’ANR Modulome, m’ayant permis
de travailler avec les informaticiens de l’équipe Symbiose de Jacques Nicolas de l’INRIA de Rennes
dans le cadre de l’étude des CRISPR, mais également dans l’ACI DHV Genoarchaea qui m’a permis
de collaborer avec P. Forterre et H. Van Tilbeurgh. Je remercie également Marc de s’être démené
afin de m’obtenir des vacations d’enseignants au sein de l’université et de l’IUT m’ayant par la
suite permis d’obtenir un poste d’Attaché Temporaire d’Enseignement et de Recherche.
Je remercie sincèrement Patrick Forterre et Pascal Simonet d’avoir accepté d’être les rapporteurs
de ce manuscrit. J’avais eu la chance de rencontrer ces deux personnes charismatiques durant
mon cycle universitaire prédoctoral et je suis très touché qu’ils aient accepté de juger ce travail.
Patrick m’avais transmis le « virus » des Archaea lors de mes études à l’université Paris XI en 2002
et Pascal m’avait fait forte impression lors d’une conférence durant mon stage de DEA à