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Introduction bibliographique sont génétiquement proches, possédant notamment une région de 8,1kb dont la composition de bases est pratiquement identique. Au sein de ces éléments viraux intégrés, une faible proportion de gènes possède des homologues dans les bases de données. Seulement quelques orthologues peuvent être trouvés. Ils sont généralement impliqués dans la réplication de l’ADN, le complexe MCM dans TKV1 (TK0096) et TKV4 (TK1361), le facteur de processivité (PCNA) dans TKV3 (TK0582). Cette faible proportion d’homologues rencontrés dans les bases de données pourrait s’expliquer par une connaissance très restreinte des plasmides et des virus de Thermococcales. Le faible nombre d’éléments génétiques mobiles caractérisés chez les Thermococcales limite les enseignements sur leur éventuelle mobilité et sur la dynamique de ces éléments viraux intégrés. De plus amples détails sur la diversité et les mécanismes d’intégration de ces îlots génomiques sont détaillés dans la section V de cette introduction (page 48). 39
IV. Les plasmides d’Archaea Introduction bibliographique Des plasmides ont été identifiés dans les trois grands groupes phénotypiques d’Archaea : halophiles extrêmes, méthanogènes et hyperthermophiles. Toutefois en raison de leur découverte relativement récente, les connaissances de ces plasmides sont encore peu documentées et loin d’être équivalents entre les différents groupes taxonomiques. 1. Les plasmides des halophiles extrêmes Les halophiles extrêmes appartiennent au domaine des Euryarchaea. Leur génome est constitué de plusieurs réplicons circulaires double brin (Tableau 4). Tableau 4 Génomes d’Halobacterium à réplicons multiples Haloarcula marismortui Baliga et al., 2004 chromosome I 3,1 Mb chromosome II 290 kb pNG100/200/300/400/500/600/700 33‐410 kb Halobacterium sp. NRC‐1 chromosome 2 Mb pNRC100 191 kb pNRC200 365 kb Halobacterium sp. R1 Unpublished chromosome 2 Mb pHS1 148kb pHS2 195 kb pHS3 284 kb pHS4 41 kb Halobacterium sp. GRB Ebert et al., 1984 chromosome 2 Mb pGRB205 305 kb pGR90 90 kb pGRB37 37 kb pGRB1 1,8 kb Haloferax volcanii DS2 Séquençage en cours Ebert chromosome 2,8 Mb pHV4 690 kb pHV3 442 kb pHV2 86 kb pHV1 6 kb Halobacterium salinarium Ebert et al., 1984 chromosome 2 Mb pGRB205 305 kb pGR90 90 kb pGRB37 37 kb pGRB1 1,8 kb 40
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Doolittle, W. F. (1999). "Phylogene
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Hackett, N. R., M. P. Krebs, S. Das
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Matsumi, R., K. Manabe, T. Fukui, H
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deficient mutants." Can J Microbiol
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Solow, B. T. and G. A. Somkuti (200
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the plasmid pTA1 isolated from the
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