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2.2.2 Thermococcus kodakaraensis
Introduction bibliographique
Alors que les Thermococcus possèdent un plus grand nombre de souches décrites, un unique
génome de Thermococcus est actuellement disponible dans les bases de données. Thermococcus
kodakaraensis KOD1 est devenue la souche modèle pour l’étude des Thermococcales (Itoh 2003).
De nombreuses enzymes d’intérêts industriels et biotechnologiques sont issues de cette souche,
telles que des polymérases commercialisées pour leur haute fidélité et leur capacité d’édition
(Nishioka et al., 2001). Le développement des premiers outils génétiques fiables dédiés à cette
souche permet d’envisager des expérimentations génétiques in vivo pour confirmer les
découvertes in vitro et les prédictions réalisées in silico (Sato et al., 2005). La relative simplicité du
protocole de transformation et la compétence naturelle de cette souche tendent à détrôner
P.abyssi du statut de modèle des Euryarchées hyperthermophiles car elle semble plus
compétente et plus difficilement transformable. Ce nouvel outil génétique permet d’inactiver un
gène cible par double recombinaison. La sélection des cellules recombinantes est basée sur la
résistance à la simvastatine portée par le vecteur. Cet antibiotique inhibe la HMG‐CoA, une
réductase impliquée dans la voie de biosynthèse des lipides. Ce système a permis de confirmer,
expérimentalement qu’un opéron putatif de gènes était impliqué dans le transport des sucres
(Matsumi et al., 2007). Un second outil a été développé par l’équipe de John Reeve (Santangelo et
al., 2008) à partir du plasmide pTN1 de Thermococcus nautilii (Soler et al., 2007). Ce vecteur
navette entre E.coli et T.kodakaraensis possède le marqueur de sélection trpE (complément de
l’autotrophie pour le tryptophane) ou le gène conférant la résistance à la mévinoline (antibiotique
inhibiteur de la biosynthèse des lipides). Le dernier outil génétique développé pour
T.kodakaraensis est un vecteur d’expression basé sur l’utilisation du gène TK1761 codant une ‐
galactosidase (Santangelo et al., 2008). La première utilisation de ce vecteur a démontré que le
découplage de la transcription et de la traduction a un effet négatif sur l’expression de gènes
situés à proximité (Santangelo et al. 2008).
Cette souche a été isolée d’un solfatare côtier près de Kagoshima sur l’île de Kodakara au Japon
(Morikawa et al., 1994). Sa gamme de température de croissance est comprise, à pression
atmosphérique, entre 60 et 100°C, avec un optimum de 85°C. Ce génome (Fukui et al. 2005) de
2,09 Mb possède un GC% de 52,0% plus élevé que celui des Pyrococci (40‐45%) (Tableau 3).
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