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Figure 6 Arbre phylogénétique des Archaea basé sur la séquence de l'ADNr16S
Introduction bibliographique
Les Euryarchaeota, du grec euryos ‘diverses’, comprennent 8 classes de micro‐organismes
couvrant à la fois un large spectre de niches écologiques et de métabolismes : des méthanogènes
Methanobacteria, Methanomicrobia, Methanococci et Methanopyri, des halophiles extrêmes
Halobacteria, ou des sulfato‐réductrices hyperthermophiles Archaeoglobi et Thermococci et les
Thermoplasmatales.
Les Crenarchaeota, du grec crenos ‘source’, sont exclusivement composés d’espèces
hyperthermophiles (Sulfolobales, Thermoproteales, Pyrodictiales, Desulfurococcales). La présence
d’organismes mésophiles au sein de ce phylum a été suggérée par l’analyse de séquences
environnementales d’ADNr16S. Néanmoins, l’accumulation des données pousse à croire que ces
organismes appartiendraient à un phylum distinct nommé Thaumarchaeota.
Les Thaumarchaeota, du grec thaumas ‘merveille’, sont une proposition de troisième phylum des
Archaea (Brochier‐Armanet et al., 2008). Ces micro‐organismes sont rarement rencontrés dans les
études de diversité car ils ne répondent pas positivement aux amplifications réalisées avec les
amorces universelles aux Archaea (Baker et al., 2004). Ce phylum comporte de nombreux micro‐
organismes mésophiles non‐cultivés, seulement détectés par analyses métagénomiques. Pour
l’instant, ils sont considérés comme des Crenarchaea mésophiles. L’analyse du génome de
C.symbiosum suggère en effet qu’un pan entier de la diversité des Archaea n’a pas encore été
exploré (Hallam et al., 2006). La compréhension de la biosphère et des cycles géochimiques
nécessite d’accroitre nos connaissances sur ces organismes. Ils pourraient, par exemple, jouer un
rôle prépondérant dans le cycle de l’azote (Prosser et al., 2008).
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