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RESULTATS ET DISCUSSION _____________________________________ 101 I. Abondance & Diversité _____________________________________________ 101 1. Collection de travail ___________________________________________________________ 101 2. Criblage de la collection à la recherche d’ADN plasmidique ___________________________ 101 3. Choix des plasmides à séquencer : classification en familles par hybridation ______________ 104 II. Génomique comparative des plasmides de Thermococcales _______________ 107 1. Une famille ubiquiste de plasmides (pIRI33, pIRI48, pCIR10, pEXT9a & pAMT7) ___ 107 2. pAMT11, un EG apparenté à un prophage de T.kodakaraensis _________________ 127 3. pGE2, un adénovirus intégratif ? _________________________________________ 142 4. pIRI42, un réplicon à grande plasticité ? ___________________________________ 159 5. pEXT16, un réplicon à deux origines de réplication ? _________________________ 166 6. pEXT9b, un plasmide à hélicase MCM _____________________________________ 180 III. Prototype de Puce à ADN ___________________________________________ 188 1. Présentation générale _________________________________________________________ 188 2. Analyse préliminaire __________________________________________________________ 189 3. Analyse à stringence plus faible _________________________________________________ 193 4. Conclusions et perspectives de l’outil puce à ADN ___________________________________ 194 IV. World of CRISPR, une boite à outils pour détecter et classer les CRISPRs ______ 195 1. Détection et visualisation des CRISPRs ____________________________________________ 195 2. Analyse du voisinage des CRISPRs, recherche de gènes cas ____________________________ 197 3. CRISPI, une base de données sur les systèmes CRISPRs _______________________________ 199 4. World of CRISPR, une interface web ______________________________________________ 200 5. Discussion sur les CRISPRs et sur l’outil World Of CRISPRs ____________________________ 202 CONCLUSION ET PERSPECTIVES __________________________________ 205 BIBLIOGRAPHIE _______________________________________________ 215
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Organisme Nom Type SSV1 Taille (pb)
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BIBLIOGRAPHIE Aa, E., J. P. Townsen
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Geslin, C., M. Gaillard, D. Flament
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Ilyina, T. V. and E. V. Koonin (199
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K‐12 chromosome." J Bacteriol 171
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Vickerman, M. M., N. M. Mather, P.
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