Susanna Tamman

PFGE on hea eristamisefektiivsuse ja korratavusega, kuid läbiviimise suure ajakuluning tehnilise keerukuse tõttu on see meetod edukalt kasutatav eelkõige väikse hulga proovidevõrdlemisel (Cartelle, 2004).1.4.3 PCR (ing. k. Polymerase Chain Reaction) põhised tüpiseermismeetodidPCR-l põhinevate tüpiseerimismeetodite eeliseks on nende kiirus ja vajadus vaidväikese hulga DNA järele. Meetodeid on katsetatud mitmeid, kuid ükski neist pole veelüldkasutatavaks kujunenud.PCR-RFLP (ing. k. PCR-restriction fragment length polymorphism)RFLP analüüsil amplifitseeritakse PCR abil kindel lookus bakteri genoomist, midaseejärel töödeldakse restriktaasidega. Saadud DNA lõigud eraldatakse agaroosgeelelektroforeesilning visualiseeritakse etiidiumbromiidi abil (Olive ja Bean, 1999).Nimetatud meetodi läbiviimine ei ole ajakulukas, tüvede eristamise võime on hea jastandardiseeritud tingimustes on tulemused hästi korratavad. Probleeme tekitab agarestriktsioonimustrite interpreteerimine, raskendades laboratooriumidevahelist teabevahetust(van Belkum jt., 2007).RAPD (ing. k. random amplification of polymorphic DNA)RAPD põhineb lokaalsete järjestuste polümorfismil, mis on seotud korduvatemotiividega bakteri genoomis, ning sobib seetõttu eelkõige esmaseks uuringuks sarnastetüvede kindlakstegemisel. Uuringul kasutatakse lühikesi, 9 kuni 10 nukleotiidi pikkuseidpraimereid, mis ei ole disainitud genoomi konkreetsete piirkondade jaoks. (Olive ja Bean,1999)RAPD läbiviimiseks ei ole vaja eelnevat informatsiooni bakteri genoomi kohta egaspetsiaalselt valmistatud praimereid ning tüvede eristamisvõimelt ei jää see meetod allaPFGE-le. RAPD peamiseks negatiivseks küljeks on tema halb korratavus (Cartelle jt., 2004),mis on tingitud ebaspetsiifilisusest praimerite seondumisel (Olive ja Bean, 1999).13