Pratique de Sas Windows ...9.3 Volume 2 - Ined

4.5 Echanges avec R
4.5.1 Quels sont les outils existants ?
Sans accepter l’adoption de critères [ promus par un ancien utilisateur de Sas et de Spss Robert A. Muenchen, devenu évangéliste R (
http://r4stats.com/2012/05/09/beginning-of-the-end/)] calqués sur le Shanghai spirit, tels que http://langindex.sourceforge.net/#categ
ou http://www.tiobe.com/index.php/content/paperinfo/tpci/index.html, on peut dire, sans
aucun problème ou ressentiment, qu’il existe d’autres logiciels à usage statistique tels que Stata, Spss et R, malgré les
discussions immenses et polémiques à propos de Sas et R. ! voir par ex http://stats.stackexchange.com/questions/33780/rvs-Sas-why-is-Sas-prefered-by-private-companies
ou http://www.listserv.uga.edu/cgi-bin/wa?A2=ind1209c&L=Sasl&F=&S=&P=1099
Sas a déjà construit sa passerelle vers Stata et Spss et nous l’avons présentée en V1_p101-102.
Depuis la 9.2.3, Sas a également construit une solution d’échange avec R en passant par un produit
autonome Sas IML Studio et de plus, en 9.3, a également construit une possibilité d’échange à partir de la
simple proc Iml. Les habitués des livraisons Académique et Recherche disposent des deux possibilités.
[La situation antérieure était conflictuelle : d’une part R, issu de S plus, grandissait avec un a-priori de ses
créateurs/utilisateurs: ignorer Sas car payant et non documenté quant à la structure de ses tables, hormis celle de la table
xport.
Seule exception Frank Harrell : ce statisticien, ancien Sasseur auteur d’une proc logist
http://www.sascommunity.org/sugi/SUGI80/Sugi-80-37 Harrell Lee McKinnis.pdf , a construit une passerelle par rapport au
type de fichier xport (V1_p69) datant de la version 5 (dans le package Hmisc) au début du siècle . Frank Harrell est bien
actif: il propose encore ce cours : http://biostat.mc.vanderbilt.edu/twiki/pub/Main/StatGraphCourse/graphscourse.pdf .
Cette position chez R, a entrainé un certain nombre de questions et réponses totalement insuffisantes dans les échanges sur
les listes : https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2007-December/149209.html
ou même le tout récent http://www.mail-archive.com/r-help@r-project.org/msg174408.html
En 2007, Erik Jorgensen( http://gbi.agrsci.dk/~ejo/R/docs/SasImport.pdf ) a proposé quelque chose que j’ai un
peu modifié et relaté dans une note technique de 16 p « Aller/retour entre Sas et R (multiples chemins possibles) » rédigée
en 2008. C’est une importation à l’intérieur de R d’une table avec formats personnels issue de Sas 9.1.3 (toujours transitant
par fichier de type –xport-) et supposant une version de Sas installée en local. Les utilisateurs de Sas ont donc
majoritairement continué à passer par un tiers produit, plus facilement importable dans R.
Or, Sas a bien évolué depuis et ses tables .sas7bdat se sont bien plus étoffées en longueur de noms de variable et labels et
formats et la forme xport a été délaissée au profit de la norme Cdisc dans le domaine pharmaceutique et CDC.
Il y a eu plus récemment, une tentative réussie d’une interface compatible avec la 9.2 et s’appuyant sur l’ODBC,
mais elle a essuyé un échec commercial pour de multiples raisons juridiques et de marché : «Bridge to R for Sas Users »
proposé par Phil Rack et adapté de ce qui avait été construit comme passerelle pour le produit WPS. La trace qui en reste :
http://www.minequest.com/Misc/bridge2rdemo/Bridge_2_R_for_Sas.html
En 2011, cela a encore bougé cette fois-ci du côté R avec un projet de Shotwell (à la VanderBilt University)
https://github.com/biostatmatt/Sas7bdat, décrit sur cette page http://cran.r-project.org/web/packages/Sas7bdat/Sas7bdat.pdf
avec quelques discussions sur sa convivialité http://Sas-and-r.blogspot.fr/2011/07/really-useful-r-package-Sas7bdat.html .
http://Sassyreader.eobjects.org/index.html est une autre tentative qui en est dérivée.
Revolution Analytics propose http://www.inside-r.org/packages/cran/Sascii/docs/read.sascii de Anthony Damico.
Stattransfer a aussi proposé la création de dataframe (je n’ai pas encore eu à le tester car faisant extrèmement peu
de R) et il semble qu’il lui faille un complément : http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/JrSastoR avec Frank Harrell
toujours sur la brèche.
De son côté, Sas a offert en 2011 ses solutions (en gras plus haut) pour travailler dans Sas et se servir de temps à
autre de R. C’est ce que nous verrons ici.
Cela nécessite bien sûr au minimum le module Sas-Iml et le Base+Stat du Foundation (ce que nous avons). Robert
Muenchen le mentionne d’ailleurs sommairement en 3.6 dans son gros volume chez Springer Verlag 2011 2nd edition 686
pages « R for Sas and Spss users ». Fin de cette petite histoire.]
Nous allons examiner l’usage pratique des solutions Sas à travers quelques exemples.
Un logiciel Sas IML Studio 3.4 (en 32bit Windows) a été livré avec Sas Foundation 9.3, tout comme Enterprise
Guide 4.3 que nous pouvons utiliser en local (l’aspect serveur à distance n’est pas vu, mais est possible).
La dernière information technique sur l’évolution de Sas Iml studio 12.1 vient de tomber ce 11 septembre 2012:
-La disponibilité d’une édition soit 32 soit 64 accédant chacune à Sas ou R qu’ils soient sous 32 ou 64 bits.
-Alors qu’actuellement implicitement en mode listing, le support de la destination html par défaut permettra de
supporter directement la visualisation des résultats de l’ods graphics. Le repli sur le listing existera cependant
toujours.
-Capacité accrue des performances en programmation multiple en parallèle et sur divers ordinateurs multi-cœurs
et multiprocesseurs
220 Pratique de Sas windows ….93 Volume 2 et Coll.