september 2011 - Nederlandse Liga tegen Epilepsie

Figuur 1 Polymerase chain reaction (A en B) en elektroferogram van nucleotidensequentie (C). De pijlen geven aan waar base G op positie
13 in de referentiesequentie (boven) op een allel veranderd is in een base A (onder). Deze patiënt is heterozygoot voor een G naar A verandering
op positie 13 genoteerd als c.13G>A.
Structurele veranderingen in chromosomen van 5 Mb en
groter kunnen in kaart worden gebracht met klassieke
cytogenetica; met karyotypering worden chromosomen
zichtbaar gemaakt door specifieke kleuring en met de
microscoop bestudeerd (figuur 2A, pagina 7). Inmiddels
is, voor de diagnostiek van (submicroscopische) chromosoomafwijkingen,
de klassieke karyotypering grotendeels
vervangen door moleculair genetische technieken, zoals
Array Comparative Genomic Hybridization (ARCGH).
Array Comparative Genomic Hybridzation
Met ARCGH kunnen voor het hele genoom (dus niet beperkt
tot bekende genen) deleties en duplicaties vanaf 200
nucleotiden en meer (zogenoemde copy number variants
(CNV’s)) aangetoond worden. Bij deze techniek wordt
DNA van een patiënt en DNA van een controle individu
als referentie, differentieel gelabeld met verschillende
fluorescente markers, en vervolgens gehydriseerd met
een array van probes (kleine stukjes complementair DNA)
die het volledige genoom (coderend en niet-coderend)
vertegenwoordigen. De ratio tussen de intensiteit van
fluorescentie van het gelabelde patiënt DNA en het ge-
labelde referentie DNA is een maat voor de aan- of afwezigheid
van een specifieke regio in het genoom en
dus voor de aan- of afwezigheid van een deletie of
duplicatie (figuur 2B, pagina 7).
6 Periodiek voor professionals 09 | nr 3 | 2011 Genetica en epilepsie