Forord - Skog og landskap

More documents

Recommendations

Info

4 Stine Kooyman kan vi lære mye om organismens respons på sykdommer, biologisk virkemåte til grunnleggende prosesser i kroppen og skille mellom individer. Man kan også lære mer om slektskap mellom arter gjennom studier av genetisk variasjon. Det finnes mange ulike metoder for å studere genetisk variasjon. Man kan sammenlikne hele DNA sekvensen til forskjellige individer, men dette er tidkrevende og dyrt. Inntil dette kan gjøres på en rask og billig måte benyttes en lang rekke analysemetoder. VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) Korte DNA- sekvenser som er repetert flere ganger etter hverandre i tandem kalles VNTR. Om man da kutter med restriksjonsenzymer vil det gi fragmenter med ulik lengde avhengig av antall repetisjoner av VNTR. Dersom man behandler dette i en polyacrylamidgel vil man få ulike bånd alt ettersom hvor lange fragmentene blir, altså etter hvor mange repeterte sekvenser som er tilstede. VNTR- fragmentene kan også analyseres ved hjelp av PCR. Primere vil feste seg på enkelte steder, og man vil få oppformert området mellom dem. Ved ulikt antall VNTR vil fragmentene få ulik lengde, noe som vil vises på en agarosegel (se figur 3 og 4). Dersom det repeterte elementet er veldig kort (200 eller færre baser) kalles VNTRen for en mikrosatellitt. Ingen vet akkurat hva disse segmentene gjør, men de kan ikke være så veldig viktige ettersom at de er ekstremt variable i lengde, og tilfeldig spredt rundt om i genomet. Ved å utføre PCR med et antall flankerende primere, kan et genetisk fingeravtrykk dannes, og gjøre det mulig å trekke konklusjoner om et individs identitet og genetisk forhold til andre individer, med stor sikkerhet (Dale,J . von Schantz, M. 2002). Det er først og fremst mikrosatellitter som brukes i denne oppgaven.
Genetisk variasjon hos jordskokk RFLP (Restriction Fragment Length Polymorfism) Det finnes en sekvensvariasjon mellom alleler (genvarianter) som kan påvises ved at DNA- fragmenter får ulik lengde på grunn av at restriksjonsseter har oppstått eller blitt fjernet som følge av en punktmutasjon. Ved RFLP- analyse kuttes DNA med et restriksjonsenzym, dersom det har skjedd en punktmutasjon og et restriksjonssete har blitt fjernet eller satt inn vil dette gi utslag i ev. kortere eller lenger fragment av DNA som kuttes. Dersom man etterpå kjører en gel vil man kunne se om fragmentet kuttes eller ikke. DNA sekvensering og minisekvensering for studier av variasjon. I mange tilfeller ønsker man å studere variasjonen i selve DNA-sekvensen mellom individer. Man vil for eksempel finne hvilken genvariant eller mutasjon som forårsaker en bestemt sykdom. For å gjøre dette kan man amplifisere genet, eller deler av det, ved hjelp av PCR og videre sekvensere PCR- produktet. Dersom samme mutasjonen finnes f. eks. hos alle syke personer, mens ingen analyserte friske personer har det, har man identifisert en mutasjon som er koblet til sykdommen. Mutasjonen er ikke nødvendigvis årsak til sykdommen. Minisekvensering brukes til å finne sekvensen av en DNA- bit hvor man mistenker at det kan finnes en mutasjon. PCR amplifiserer området med mulig mutasjon. Primerne hybridiseres like inntil mulig mutasjon. ddGTP, ddATP, ddTTP og ddCTP tilsettes. Dersom disse er merket forskjellig kan alle blandes i samme rør. DNA- polymerasen inkorporerer det rette ddXTP avhengig av hvilken nukleotid som er på punktmutasjonsstedet. Analyse på automatisk sekvenseringsmaskin detekterer hvilken nukleotid som er innkorporert hvor, altså genotypen. 5
Page 1 and 2: Genetisk variasjon hos jordskokk. B
Page 3 and 4: Forord Denne bacheloroppgaven om ge
Page 5: Innhold Innledning 1 Jordskokk 1 Ge
Page 8 and 9: Jordskokk: (Helianthus tuberosus) 2
Page 12 and 13: 6 Stine Kooyman Det finnes områder
Page 14 and 15: Hvordan nå målet? 8 Stine Kooyman
Page 16 and 17: 10 Stine Kooyman materialet mindre
Page 18 and 19: 12 Stine Kooyman 9. Tilsatte 1,5 vo
Page 20 and 21: 14 Stine Kooyman (2005). Chloroplas
Page 22 and 23: 16 Stine Kooyman Figur 3: Figuren v
Page 24 and 25: 18 Stine Kooyman Prosedyre En maste
Page 26 and 27: 20 Stine Kooyman 1. Veide opp 2g ag
Page 28 and 29: 22 Gold Taq- polymerase 0,12 µl Pr
Page 30 and 31: 24 Figur 6a) Figur 6b) Figur 6c) St
Page 32 and 33: Resultater fra DNA- utbytte analyse
Page 34 and 35: 28 Stine Kooyman Plantenr./navn I:
Page 36 and 37: Diskusjon DNA- isolering 30 Stine K
Page 38 and 39: 32 Stine Kooyman triploid. Det vil
Page 40 and 41: 34 Stine Kooyman stor variasjon nå
Page 42: 36 Stine Kooyman Wills, D.M, Hester

Forord - Skog og landskap

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?