analytica 100

artigo 2
Imagem Ilustrativa
Autores:
Eduardo de Souza Matos 1 ,
Ronaldo Mohana-Borges *1 ,
Vitor Marcel Faça*2, Fábio César Gozzo *3 ,
Wagner Fontes4, Carlos André O. Ricart 4 ,
Fábio César Sousa Nogueira 5 ,
Mário Sérgio Palma §6 ,
Marcelo Valle de Sousa *4 .
Tabela 3 – Compilação dos resultados de identificação do bevacizumabe obtida pelo software Mascot para todos os lotes de Avastin
Lote
Data de
análise
Enzima Proteínas identificadas Colocação Score
No. de
peptídeos
identificados
B7234B07 06/06/2018 Tripsina
Bev_HC-Bevacizumab_heavy_chain
Bev_LC-Bevacizumab_light_chain
1
2
1578
707
29
11
B7234B07 06/06/2018
Tripsina
+ Glu-C
B7234B07 27/06/2018 Tripsina
B7234B07 27/06/2018
Tripsina
+ Glu-C
Bev_HC-Bevacizumab_heavy_chain
Bev_LC-Bevacizumab_light_chain
Immunoglobulin heavy constant gamma 4 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IGHG4 PE=1
SV=1
Immunoglobulin heavy variable 3-48 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=IGHV3-48 PE=1 SV=2
Glutamyl endopeptidase OS=Staphylococcus aureus (strain MRSA252) OX=282458 GN=sspA
PE=3 SV=1
Sarcoplasmic calcium-binding protein (Fragment) OS=Chionoecetes opilio OX=41210 PE=1
SV=1
Bev_HC-Bevacizumab_heavy_chain
Bev_LC-Bevacizumab_light_chain
Immunoglobulin kappa light chain OS=Homo sapiens OX=9606 PE=1 SV=1
Sarcoplasmic calcium-binding protein (Fragment) OS=Chionoecetes opilio OX=41210 PE=1
SV=1
Bev_HC-Bevacizumab_heavy_chain
Bev_LC-Bevacizumab_light_chain
Immunoglobulin kappa light chain OS=Homo sapiens OX=9606 PE=1 SV=1
Girdin OS=Mus musculus OX=10090 GN=Ccdc88a PE=1 SV=2
1
2
3
4
5
6
1
2
3
4
1
2
3
4
1946
971
294
72
54
45
1447
782
498
59
1981
1225
641
52
44
17
10
2
3
1
27
13
8
1
48
24
13
2
dentro de um conjunto enorme de
outras centenas de milhares de sequências
de peptídeos. Para isto,
necessitou-se incluir no banco de
dados Swissprot tanto as sequências
de aminoácidos das cadeias
leve e pesada do bevacizumabe
quanto os peptídeos contaminantes
provenientes da auto-hidrólise
da tripsina e endoproteinase Glu-C.
Após a execução de busca com
o algoritmo Mascot, utilizando-se
o conjunto de espectro para cada
lote de bevacizumabe , obtido nas
duas análises, e tanto para a digestão
com tripsina quanto para a
co-digestão com tripsina e endoproteinase
Glu-C, verificou-se que
os resultados destas buscas foram
a identificação das cadeias leve e
pesada do bevacizumabe , com a
obtenção de scores elevados (p <
0,01) em todas condições analisadas.
Os resultados de identificação
de proteínas obtidas a partir da
análise do Mascot foram compilados
na tabela 3, onde os scores de
proteínas e os números de peptídeos
encontrados na sequência do
bevacizumabe foram explicitados.
Os dados do conjunto de peptídeos
sequenciados com relevância
estatística para as cadeias leve e
pesada do bevacizumabe , nos três
lotes, foram todos compilados. Observou-se
que, para os três lotes, o
sequenciamento de peptídeos que
cobrem as sequências F(ab)-12 LC
e F(ab)-12 HC gerou score individual
superior ao limite mínimo significativo
calculado pelo software.
Os resultados experimentais
completos exigem um grande número
de páginas no formato de tabelas,
que não podem ser mostradas
no formato do presente manuscrito.
Por essa razão, esses dados
estão disponibilizados acessando
30
REVISTA ANALYTICA - ABR/MAI 19
Tabela 4 - Proteínas identificadas nos Lotes 1, 2 e 3 de Avastin® mostrando que houve cobertura (coverage) completa de sequência
das cadeias leve e pesada de Bevacizumabe para todos.
Lote Proteína Descrição -10lgP Cobertura (%) Peptídeos Massa média
1
2
3
1 Bevacizumabe, cadeia pesada 1048.59 100 528 49847
2 Bevacizumabe, cadeia leve 872.93 100 257 23451
1 Bevacizumabe, cadeia pesada 1056.35 100 513 49847
2 Bevacizumabe, cadeia leve 910.33 100 236 23451
1 Bevacizumabe, cadeia pesada 1064.82 100 459 49847
2 Bevacizumabe, cadeia leve 915.97 100 230 23451