Rektor Linda Nielsen Københavns Universitet Nørregade 10 1017 ...

More documents

Recommendations

Info

Kernefelter på Biologisk Institut, Københavns Universitet ”MIKROBIEL BIOKOMPLEKSITET” A. Beskrivelse af kernefeltet: A.1 Institutionens navn: Biologisk Institut, Københavns Universitet A.2 Kontaktpersoner: Lektor Søren J. Sørensen & Professor Michael Kühl A.3 Tlf.: 3532-2053 & 3532-1956 A.4 E-mail: sjs@bi.ku.dk & mkuhl@bi.ku.dk A.5 Kernefeltets navn: Mikrobiel Biokompleksitet Spirende kernefelt: X Nuværende kernefelt (kryds her): (X) A.6 Fagligt fokus: Kernefeltets fokus er at analysere mikroorganismers biologi på forskellige niveauer af biokompleksitet rækkende fra cellulære reguleringsprocesser, over enkeltcellers aktivitet til komplekse mikrobielle samfunds struktur, biodiversitet og funktion. Dette involverer en udvikling og kombination af molekylære og økofysiologiske metoder til at analysere interaktioner mellem mikroorganismerne indbyrdes og mellem mikroorganismerne og deres miljø. Metoderne omfatter nanoteknik, molekylær biologi samt avancerede sensorer og billeddannende mikroskopiske metoder. Kernefeltet har en bred berøringsflade og mange konkrete interdisciplinære samarbejder med andre forsknings miljøer inden for satsningsområderne nano- og bioteknologi. Kernefeltet placerer sig centralt i et af de mest spændende områder inden for mikrobiologi, nemlig spændingsfeltet mellem mikrobiel fysiologi, biodiversitet og genstruktur. Vi kalder dette felt for mikrobiel biokompleksitet. Kernefeltet er opstået ved oprettelsen af Biologisk Institut og består af tre internationalt anerkendte forskningsgrupper med rødder i Zoologisk Institut, Botanisk Institut og Molekylærbiologisk Institut. Grupperne har opbygget komplementære kompetencer inden for centrale områder af mikrobiologien, og det nye kernefelt forventes at opnå stor international gennemslagskraft blandt andet forårsaget af en betydelig synergieffekt. Forskningsgruppen inden for akvatiske mikroorganismers økologi fokuserer på mikroorganismers adfærd, fysiologi og betydning for stofomsætningen og udvikle r avanceret sensorteknologi, mens de to andre forskningsgrupper implementerer molekylære metoder i undersøgelsen af mikrobielle samfund og enkeltarters økologi, herunder dynamikken i mikroorganismernes genpuljer. Der arbejdes med kultiverede og ukultiverede modelorganismer såvel som en lang række forskellige naturlige mikrobielle samfund i både terrestriske og akvatiske miljøer. I begyndelsen af 1900-tallet gennemlevede mikrobiologien en erkendelsesmæssig revolution baseret på udviklingen i mikroskopiering og dyrkning af mikroorganismer, hvilket senere blev en forudsætning for klinisk mikrobiologi og bioteknologi. Sidenhen har anvendelsen af molekylærbiologiske metoder indenfor mikrobiologien ført til enorme fremskridt i forståelsen af bestemte modelorganismers biologi samtidig med at nye fylogenetiske metoder viser at vi stadig kun kender til en brøkdel af de mikroorganismer som findes i naturen. I dag står mikrobiologien foran sin næste store revolution; denne gang baseret på anvendelsen af de etablerede metoder sammen med nye teknologiske landvindinger inden for genomforskning, nanoteknologi samt avancerede sensor- og imaging-metoder. Det er her kernefeltet for mikrobiel biokompleksitet ser sin hovedopgave. En nærmest eksplosiv metodemæssig udvikling har i de senere år placeret mikrobiel økologi centralt i forhold til andre forskningsområder som bioteknologi, biogeokemi, evolutionær biologi og klinisk mikrobiologi. Flere af kernefeltets forskere er internationalt førende i denne udvikling. Studier af mikroorganismer i naturlige miljøer opfattes som det næste store forskningsfelt inden for genomforskning. Fremtidens metoder vil tage afsæt i molekylærbiologi, nanoteknologi og avanceret mikroskopi, hvilket stiller store krav til forskningsgruppernes størrelse og økonomi. Udvikling, implementering og ikke mindst kombineret brug af nye metoder i et dynamisk og stærkt kompetitivt forskningsområde som mikrobiologi varetages bedst af interdisciplinære grupper med en god TAP bemanding og en solid økonomi, hvoraf en væsentlig del udgøres af basisbevillinger øremærket til grundlagsdannende forskning og udviklingsopgaver. Kernefeltet vil desuden tiltrække betydelige eksterne midler og know-how gennem samarbejder og udvekslingsaftaler med danske og internationale forskergrupper og virksomheder. Dok-id. 354956
A.7 Forskerskoler m.v. : Under forskerskolen for biologi udbydes en række komplementære forskerkurser, som vil blive suppleret med nye fælles kurser under en ny forskerskole for mikrobiel biokompleksite, også forventes at tiltrække udenlandske forskerstuderende. A.8 Myndighedsopgaver og –beredskab: TF er præsident for Det Kgl. Danske Videnskabernes Selskab B. Kernefeltets omfang: B.1 Antal videnskabelige medarbejdere (gerne fordelt på stillingskategorier): 10 forskere 3 professorer: Tom Fenchel (TF), Michael Kühl (MK), Søren Rosendahl (SR); 5 lektorer: Ronnie Glud (RG), Mathias Middelboe (MM), Anders Priemé (AP), Sten Struwe (SS), Søren J. Sørensen (SS); 1 adjunkt: Rasmus Kjøller (RK); 1 fast tilknyttet lektor: Lars H. Hansen (LH) B.2 Antal ph.d. studerende: 7 B.3 Samlet budget 2005 (ud over ekstern financiering): Skønsmæssige ca.-tal for de involverede forskere: Løn 8.000.000,- , total drift 2.000.000,-, Ph.D. midler 600.000,-; Total: 10.600.000,- C. Begrundelse for valg af kernefelt: C.1 Publicering. Angiv antal peer review-publikationer over de seneste 3 år: 86 peer review-publikationer i perioden 2002-2004. C.2 Citationer. Angiv gns. antal citationer per artikel (i en nærmere specificeret periode): 398 citationer på 78 artikler i perioden 2002-2004: 5,10 citationer per artikel. 4074 citationer på 199 artikler i perioden 1994-2001: 20,47 citationer per artikel. TF er af ISI listed som ”highly cited author” og er en af de mest citerede forskere i kategorien ”plant and animal sciences”(se: http://isihighlycited.com/author.cgi?&link1=Browse&link=Results&id=836). C.3 Erhvervsmæssig betydning. Der er udviklet sensorer og måleplatforme som sælges af KC-Denmark A/S, Unisense A/S og Presens GmbH, og som finder bred anvendelse indenfor bl.a. bioteknologi, medicinteknik, biogeokemi, akvatisk/terrestrisk økologi og fysiologi. Sidstnævnte firma er grundlagt af to tidligere postdocs hos en af kernefeltets forskere. Der samarbejdes med Walz GmbH omkring optimering af måleudstyr og et konfokalmikroskop i gruppen fungerer som reference for Perkin-Elmer Life Sciences. Der samarbejdes med industrivirksomheder om bioteknologisk udnyttelse af mikroorganismer. En forsker har siddet i bestyrelsen for Thomsen BioScience og er nu i deres videnskabelige board. Firmaet laver udstyr til detektion af biologiske krigsvåben. Der udføres konsulentarbejde for Novozymes Biologicals i forbindelse med godkendelse af mikrobielle produkter på det danske og svenske marked. Bakterievirus kan udnyttes til udvikling af nye metoder i sygdomsbekæmpelse og dette felt har stor international bevågenhed. En forsker indgår i et 3-årigt forskningsprojekt financieret af Fødevaredirektoratet (2 millioner kr.) omkring anvendelse af bakteriofager til bekæmpelse af fiskesygdomme i akvakultur i samarbejde med foderfirmaet BioMar A/S. C.4 Samfundsmæssig betydning. Antallet af kandidater (2002-2004): 37 Antallet af uddannede Ph.D. studerende (2002-2004): 15 Mikroorganismer er de væsentligste aktører i Jordens stofkredsløb. Bakterier og de biogeokemiske processer de katalyserer har lige siden livets udvikling været en væsentlig forudsætning for højere livsformers trivsel. Grundlæggende studier af naturlige mikrobielle samfund med nye metoder kan således også give indblik i hvordan helt fundamentale processer reguleres og foregår - og identificere hvilke organismer der er centrale for processernes forløb. Der er en enorm mikrobiel diversitet i naturen og denne repræsenterer en næsten uudtømmelig kilde for at opdage nye mikrober og stofskifteprocesser, hvoraf nogle kan vise sig af stor nytte indenfor f.eks. bioteknologi eller medicin. Der er således et stort potentiale for nye og banebrydende opdagelser indenfor kernefeltets forsknings-område. En lang række organisationer - bl.a. The American Academy of Microbiology, US Food and Drug Agency, The German Research Centre for Biotechnology, samt det engelske Medical Research Council – har peget på behovet for forskning i patogene mikroorganismers evolution, økologi og antibiotikaresistens. Nye problematiske bakterier dukker løbende op og fremtidige problemer kan kun begrænses ved en langsigtet strategi der bygger på en fundamental forståelse af de biologiske processer som ligger til grund for mikroorganismers udvikling i naturen. Grundlagsskabende forskning i mikroorganismers og mikrobielle samfunds økologi og biodiversitet er derfor af central betydning. Uddannelse: Mikrobiel biokompleksitet er et forskningsområde på grænsefladen mellem traditionel 2
Page 1 and 2: DET NATURVIDENSKABELIGE FAKULTET K
Page 3 and 4: Bilag 1 Kernefelter i dansk forskni
Page 5 and 6: Bilag 2 til Danmarks Forskningspoli
Page 7 and 8: 00100). Et af gruppens medlemmer va
Page 9 and 10: periode): 2002-2004: 3.2 citationer
Page 13 and 14: Grønland, ændringer af Grønlands
Page 15 and 16: B.1 Antal videnskabelige medarbejde
Page 19 and 20: QUANTOP - Danmarks Grundforskningfo
Page 21 and 22: subject of active investigation, in
Page 23 and 24: RNA’er, som inkluderer familier a
Page 29 and 30: A. Beskrivelse af kernefeltet: A.1
Page 31 and 32: C.6 Formaliseret internationalt for
Page 33 and 34: B. Kernefeltets omfang: B.1 Antal v
Page 35: C.6 Formaliseret internationalt for
Page 41: som forplantning og aldring. C.5 Ek
Page 44 and 45: kernefelt under det større etabler
Page 50 and 51: Biologi, har i perioden 2002-2004 f
Page 52 and 53: Perspektivet er, at man ved denne s
Page 56 and 57: (Deutsche Forschungsgemeinschaft) -
Page 58 and 59: FRL er en af de internationa lt fø
Page 62 and 63: Den matematisk/numeriske forskning,
Page 64 and 65: B.2 Antal ph.d.er: 12 B.3 Samlet bu
Page 68 and 69: Gruppen har aktivt forskningssamarb
Page 70 and 71: B. Kernefeltets omfang: B.1 Antal v
Page 80 and 81: Ialt 12 udenlandske forskere har ti
Page 82 and 83: etydeligt arbejde. Således er 5 ka
Page 84 and 85: B.2 Antal ph.d.-stude rende: 3 (200
Page 87 and 88:
Bilag 2 til Danmarks Forskningspoli
Page 89 and 90:
C.3 Erhvervsmæssig betydning. Angi
Page 91 and 92:
Page 93 and 94:
computer-modeller i stand til at do
Page 95:
(2) DMI, samarbejde omkring ”Effe
Page 98 and 99:
Page 100:
Forskningsfeltet yder også bistand
show all

Rektor Linda Nielsen Københavns Universitet Nørregade 10 1017 ...

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?