Öffnen - eDiss - Georg-August-Universität Göttingen

Methoden - Kapitel 3.4.
Tabelle 3.8: Cycling-Parameter für die Analyse Y-chromosomaler STRs.
Schritt Temperatur (°C) Dauer (min) Zyklen
Initial 95 5
Denaturation
Annealing
Elongation
Denaturation
Annealing
Elongation
94
62
70
90
59
70
1
1,5
1
1
1,5
1
Delay 60 45
Soak 10 10
10
30 - 40
Alle PCRs wurden in einem DNA Thermal Cycler Typ Mastercycler® gradient bzw.
personal der Firma Eppendorf durchgeführt.
3.4.7. Amplifikation humanpathogener Bakterien-DNA
In Zusammenarbeit mit Johanna Schröder wurden zwei Analysesysteme für die Untersuchung
der Knochen auf humanpathogene Bakterien-DNA entwickelt. Dabei
stehen besonders solche Spezies im Fokus, die eine typhus-ähnliche Symptomatik
hervorrufen (vgl. Kap. 1.3.). In dieser Arbeit wurde sich auf Salomonella typhi, S.
paratyphi, Bartonella quintana, Borrelia recurrentis und Rickettsia prowazekii konzentriert.
Dabei wurde sich auf die jeweiligen Zielgene gestützt, die bereits für andere
Nachweise in altem Skelettmaterial genutzt wurde (z.B. Raoult et al. 2006). Die
Sequenzen, an denen die Primer designt wurden, sind auf NCBI abrufbar:
STY0312/6: NC_003198.1; recN-Gen: NC_011244.1; dnaA-Gen: NC_000963.1;
hbpE-Gen: NC_005955.1. Zur Entstehung der Nachweissysteme und Genauswahl
siehe auch Schröder (2013). Während der Entstehung des Systems zeigte sich, dass
das vorliegende Nachweissystem nicht zwischen S. paratyphi A und einer weiteren
Salmonellen-Spezies (S. weltevreden, Brankatschk et al. 2011) unterscheiden kann,
was die Aussagekraft an dieser Stelle einschränkt. Da beide Spezies jedoch sehr ähnlich
zueinander sind, wurde das System trotzdem in dieser Form angewendet. Die
Tabellen 3.9 und 3.10 zeigen die Primersequenzen und Produktlängen des Duplexbzw.
Triplex-Systems.
Tabelle 3.9: Primersequenzen und Produktlängen der Duplex-PCR für den Nachweis von
Bartonella und Rickettsia.
Genort Primersequenz (5‘ – 3‘) Produktlänge Amplifikation bei
[bp]
hbpE
AGGCTGCAGATGTAATAGTTC
ATCTGTCCTCCAAAATAAAAG
103 B. quintana
dnaA
GCAGTGATAGAATCACCTACTAA
TACATCAAGTGTTGAAACGATA
87 R. prowazekii
55