RAPPORT FINAL - Fischnetz

Hypothèse V-5 : La perturbation des peuplements pisciaires est due
à une dégradation morphologique des cours d’eau.
Contexte :
Par Guy Périat & François Degiorgi
Les altérations de la qualité physique d’un cours d’eau sont également susceptibles
d’entraîner directement une réduction nette des communautés de poissons et de
macroinvertébrés. Il paraît donc judicieux d’analyser l’état de santé de l’habitat aquatique des
rivières.
La première méthode d’analyse retenue a été celle dite de l’écomorphologie niveau R, de la
Confédération[1,2], pour l’application de laquelle la FCPJ a été mandatée par l’OEPN.
Cependant, cette méthode globale, à l’instar de celles qui sont proposées par BISSON et
al.[3] ou HAWKINS et al. [4], ne prend pas en compte tous les paramètres morphologiques
du cours d’eau. En particulier, les densités de caches à poisson, la connectivité latérale,
l’incision du lit ne sont pas estimées.
Dans ce contexte, il est difficile de confronter les résultats de cette approche avec la
structure des peuplements pisciaires et benthiques. Par conséquent, de manière à pouvoir
comparer d’une manière cohérente la qualité physique à la qualité biologique du cours d’eau,
il a fallu appliquer d’autres protocoles plus précis et plus ciblés sur l’attractivité
morphologique envers la faune aquatique.
Ce diagnostic a été réalisé en suivant l'approche standard mise au point par la Direction
Régionale n°5 du Conseil Supérieur de la Pêche et finalisé par Teleos [5,6] :
La structure physique des cours d’eau est analysée à 2 échelles jugées discriminantes : une
évaluation de la qualité de la mosaïque des faciès* est effectuée sur la totalité du linéaire du
cours d’eau afin de percevoir ses potentialités globales, de circonscrire les éventuels mécanismes
d’altérations pour finalement sectoriser le cours d’eau en tronçon à qualité morphologique
équivalente. En parallèle et de préférence pour chaque secteur défini, un bilan de l’état de santé
des mosaïques d’habitats** d’une station est dressé à une échelle très fine[6]. Les résultats des
diagnostics biologiques effectués aux mêmes endroits sont confrontés à l’attractivité
morphologique de chaque station respective, exprimée globalement sous forme d’indice [6]. Cette
approche simultanée à plusieurs échelles d’actions interdisciplinaires et emboîtées est ensuite
interprétée par rapport à une référence propre, souvent précisée par l’analyse de données
historiques. Finalement, cette démarche novatrice et encore expérimentale permet de démêler
l'importance relative des pressions anthropiques, de définir les limites naturelles du potentiel et de
proposer, par évaluation objective, des remèdes et des mesures restauratoires concrètes.
Cette analyse plus fine et parfaitement adaptée à la problématique posée aurait permis de
mieux caractériser et surtout de quantifier les spécificités habitationnelles de chaque cours
d’eau jurassiens. Malheureusement, les moyens à disposition n’ont permis son application
qu’au cours principal de la rivière Allaine [cf.7].
*mosaïque des faciès Descriptif de la succession des portions cours d’eau, présentant sur une certaine
longueur, une physionomie générale homogène sur le plan des hauteurs d’eau, des
vitesses d’écoulement et de la granulométrie. (ex : radier(riffle), fosse(pool), etc…)
**mosaïque d’habitats Descriptif de la diversité des méso-habitats dynamiques qui sont des compartiments
décimétriques à pluri-métriques de l’espace fluviatile compris dans les faciès euxmêmes
et définis par l’homogénéité de combinaisons codifiées d’éléments
topographiques (hauteurs d’eau, vitesses d’écoulement, substrats/supports)
susceptibles d’attirer une ou plusieurs espèces de poissons de façon variable à
différentes échelles de temps.
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