RAPPORT FINAL - Fischnetz

Conclusion :
Le bilan des signes ou des preuves de l’implication et de la part relative des différentes
catégories de perturbations, pondérés par leur incertitude, désigne les contaminations
toxiques, aiguës et chroniques, ainsi que les altérations de l’habitat aquatique et le
réchauffement thermique comme les trois causes majeures de réduction des édifices
biologiques des cours d’eau jurassiens(tab15&fig53).
Le réchauffement thermique des eaux de surface du canton du Jura provoque un
vieillissement typologique fort préjudiciable au développement des biocénoses originelles et
semble être la conséquence de perturbations multifactorielles parmi lesquelles le climat ne
paraît pas jouer un rôle primordial(cf.§V-11). Les atteintes à la morphologie, même si elles
sont anciennes pour la plupart, peuvent également être considérées comme une importante
cause de dysfonctionnements, dont les effets, qui en outre s’auto-entretiennent, sont
actuellement encore très forts : non recolonisation des espèces sensibles et biomasse en
place non optimale même sur les secteurs à qualité morphologique sub-référentielle (fig
6à14&54 et §V-5).
En revanche et bien que des millions de francs aient été investis dans l’épuration, dès les
année ’80, la qualité des eaux de surface peut toujours être considérée comme la
cause première limitant le développement de la biocénose en place. En outre, si une
contamination chronique générale de l’écosystème aquatique ne fait aucun doute (cf.§V-4),
la récurrence des pollutions aiguës (tab17) semble être le facteur essentiel à la fluctuation
des peuplements pisciaires des petits et moyens cours d’eau(fig54&55) qui restent, dans
l’ensemble, fortement déficitaires (fig6à14).
Il apparaît également qu’aucun secteur de cours d’eau ne semble épargné par les
dysfonctionnements(tab16). L’Allaine paraît plus perturbée au niveau de sa qualité d’eau et
de son métabolisme thermique, alors que la Sorne et la Birse, malgré une qualité d’eau non
optimale, souffrent plus d’altérations physiques et de l’artificialisation de leur débit. Le Doubs,
quant à lui, a su conserver une bonne qualité physique, mais alors qu’il a toujours été la
référence cantonale en matière de qualité d’eau, des pollutions chroniques et aiguës y ont
été détectées ; ces dernières s’ajoutent assurément à l’artificialisation totale de son débit
pour brider le développement de la faune en place.
Enfin et bien que la baisse de capture des ombres dans le Doubs semble corrélée à la
détérioration de la qualité du peuplement pisciaire de ce cours d’eau depuis les
années 70(fig5&15à17), il est important de rappeler que l’évolution des prises de
truites dans le Jura semble plus résulter de la quantité de truites adultes déversées
que de l’état des populations en place (cf.V-8&V-9). Cependant, une amélioration
sensible de la collecte d’information sur l’exercice de la pêche devraient prioritairement être
réalisée avant de pouvoir élucider les facteurs responsables, ainsi que leurs interrelations, de
la baisse des captures observées depuis la fin des années ’80 (fig4&5 et cf.§V-8&V-9).
[1] Degiorgi F., PériatG., Decoursière H.,Vergon J-P., Lièvre A., 2004. Recherche des causes de régression
des potentiels piscicoles de l’Allaine. Etude du fonctionnement écologique du cours d’eau.
Fédération cantonale des pêcheurs jurassiens, Bureau Teleos Besançon : 225 pp. + annexes
[2] Teleos, 2003. Définition des possibilités et des priorités d’aménagement de la morphologie de l’Allaine et
de ses affluents sur le territoire de la commune de Porrentruy. Projet « Beuchire – Creugenat » /
Projet « Sous Bellevue » / Projet « Chute des abattoirs » / Projet « Pont d’Able ». Avant-projet
sommaire financé par la Société des pêcheurs de l’Allaine et la Commune de Porrentruy. Rapport
int. de déc. 2003 ;: 50 pp.
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