RAPPORT FINAL - Fischnetz

Conclusion :
L’introduction de truites adultes semble avoir un effet positif sur le nombre de prises
(fig40). La diminution drastique des mises à l’eau en 1989 est peut-être une explication de la
baisse des captures observée depuis cette date, en particulier dans le Doubs. D’autre part, le
maintien de remises à l’eau d’adultes sur les trois autres cours d’eau semble assurer plus de
la moitié des prises actuelles par les pêcheurs, du moins sur l’Allaine (fig40).
En revanche, le repeuplement en juvéniles, sur le Doubs Franco-Suisse [9] comme sur
l’Allaine, paraît avoir une très faible efficacité : inférieure à 5 % dans l’Allaine alors que
les introgressions géniques dans le cours d’eau ne semblent pas être prononcées sur la
cohorte des adultes(tab12 et [10]). L’évolution de la qualité génomique des truites en place
sur l’Allaine et ses affluents à partir de l’analyse des nombreux échantillons prélevés depuis
2001 permettrait sans doute de confirmer cette tendance et pourrait constituer un argument
en faveur de l’arrêt complet de ce genre de pratiques, apparemment peu efficaces et souvent
préjudiciables aux populations en place[10].
La confrontation des croissances calculées avec les tailles légales actuellement en vigueur
démontre que ces dernières sont, excepté sur la Sorne et la partie apicale de la Birse,
largement inférieures à celles atteintes à l’âge de première maturité (fig42à45). L’état
relictuel des populations de truites du Canton du Jura peut donc à première vue être imputé
en partie aux pêcheurs qui prélèvent préférentiellement et sans le savoir, sur la plupart des
cours d’eau jurassiens, des poissons qui n’ont pas encore eu la possibilité de se
reproduire[8]. Toutefois, parallèlement, la mise en réserve de plusieurs secteurs de cours
d’eau ne semble pas avoir d’effet sur la densité trutticole(fig46), puisque, sur chaque secteur
observé, la biomasse de truites n’a pas augmenté. La pêche ne semble donc pas, dans le
contexte actuel, être un facteur limitant au développement naturel des populations en
place. L’efficacité des mesures restrictives peut donc être mise en doute et devrait être
précisée par l’affinement et la poursuite des analyses de la structure des populations.
Ces 25 dernières années, les variations intervenues dans l’évolution de la vente de
permis ne montrent aucune tendance et restent inexpliquées(fig41). Une adaptation des
carnets de contrôle et un sous-échantillonnage plus détaillé à partir d’un groupe de pêcheurs
volontaires pourraient notamment améliorer sensiblement la fiabilité des données récoltées.
A titre d’exemple, les quelques pêcheurs(