Rôle de la protéine associée au nucléoïde Fis dans le contrôle de la ...

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Liste des figures et tableaux Figures et tableaux de la partie bibliographique : Figure 1 : L’interaction entre un micro-organisme et un hôte conduit à différentes issues........ 16 Figure 2 : Classification des gènes impliqués dans la virulence................................................. 20 Figure 3 : Etapes du processus infectieux en fonction de la phase de croissance....................... 21 Figure 4 : Structure du flagelle bactérien.................................................................................... 22 Figure 5 : La mobilité par l'actine utilisée par Shigella flexneri à l'intérieur des cellules épithéliales, nommée "rocket motility"........................................................................................ 23 Figure 6 : La structure du LPS. ................................................................................................... 26 Figure 7 : Réponse hypersensible élicitée par E. chrysanthemi sur feuille de tabac. ................. 33 Figure 8 : Production de composés oxygénés activés lors d’une interaction plante-pathogène compatible ou incompatible. ........................................................................................................ 34 Figure 9 : Structure de l’ARN polymérase et son interaction avec un promoteur...................... 39 Figure 10 : Eléments principaux du gène procaryote.................................................................. 39 Figure 11 : Les étapes de l’initiation de la transcription bactérienne. ........................................ 43 Figure 12 : Les différents types d’activateurs transcriptionnels. ................................................ 50 Figure 13 : Les différents types de répresseurs transcriptionnels. .............................................. 52 Figure 14 : Schéma illustrant l’effet de l’organisation spatiale du chromosome sur l’expression génique..................................................................................................................... 54 Figure 15 : Effet du niveau du surenroulement de l’ADN sur l’expression des gènes. .............. 55 Figure 16 : Concentrations cellulaires des protéines H-NS, Fis, HU et IHF au cours des différentes phases de la croissance bactérienne. .......................................................................... 59 Figure 17 : Mode d’action du répresseur H-NS et de l’activateur Fis en fonction de la température sur l’expression du gène virF chez les souches d’Escherichia coli entéroinvasives............................................................................................................................. 60 Figure 18 : Les mécanismes de régualtions mettant en jeu plusieurs facteurs de transcriptions.66 Figure 19 : Réseau de régulations entre les régulateurs globaux. ............................................... 67 Figure 20 : Régulation du niveau cellulaire de σ S en fonction des stimuli extérieurs chez la bactérie Escherichia coli. ............................................................................................................. 70 Figure 21 : Distribution géographique d’Erwinia chrysanthemi. ............................................... 73 Figure 22 : Symptômes causés par E. chrysanthemi................................................................... 74 Figure 23 : La paroi végétale et la structure biochimique de la pectine...................................... 77 Figure 24 : La voie de dégradation et d’assimilation de la pectine............................................. 79 Figure 25 : Production de deux pectine méthyl-estérases et de deux pectine acétyl-estérases ches Erwinia chrysanthemi 3937. ............................................................................................... 80 Figure 26 : Production de dépolymérases chez Erwinia chrysanthemi 3937. ........................... 81 Figure 27 : Rôle des différentes pectinases dans le pouvoir pathogène d’Erwinia sur Saintpaulia. .................................................................................................................................. 83 Figure 28 : Organisation génétique des pectinases. .................................................................... 84 Figure 29 : Réseau de régulation contrôlant l’expression des gènes pel chez Erwinia chrysanthemi. ............................................................................................................................... 95 Tableau 1 : Fréquence d’apparition des nucléotides dans les éléments -35 et -10 du promoteur bactérien. ...................................................................................................................................... 41 Tableau 2 : facteurs sigma alternatifs impliqués dans la virulence............................................. 46 Tableau 3 : Les principales protéines associées au nucléoïde (NAP)......................................... 57 8
Figures et tableaux de la partie résultats : 1 er article : Fig. 1. Behaviour of the E. chrysanthemi fis mutant.................................................................... 122 Fig. 2. The induction of pectate lyase activity is delayed in the supernatant of the fis mutant growth medium. ........................................................................................................................... 123 Fig. 3. Expression of the fliC, hrpN, prtC, sapA and cel5 genes in the parental strain and its fis derivative...................................................................................................................................... 124 Fig. 4. Band-shift assay for Fis binding on hrpN, fliC, cel5, sapA, prtC promoter regions. ....... 125 Fig. 5. Fis interacts with the cel5 downstream promoter regions and inhibits transcript elongation..................................................................................................................................... 126 Fig. 6. Comparison of virulence between E. chrysanthemi 3937 and its various derivatives on chicory leaves and potato tubers. ................................................................................................. 127 Fig. S1.The E. chrysanthemi fis operon. .................................................................................... 128 Fig. S2. Fis specifically interacts with its own regulatory regions and represses transcription initiation by σ 70 RNAP. ............................................................................................................... 129 Fig. S3. The fis operon and promoter region. .............................................................................. 130 Fig. S4. Growth phase-dependent induction of pectate lyase activity in the culture supernatants of Erwinia chrysanthemi strains A350 (ps) and A4374 (fis). .......................................................... 131 Table 1. Bacterial strains, plasmids, phages and oligonucleotides used in this work. ................ 117-118 2 ème article : Fig. 1. Time course induction of pectate lyase activity in the culture supernatants of Erwinia chrysanthemi strains A350 (ps) and A4374 (fis).......................................................................... 152 Fig. 2. Bacterial-number-dependent expression of pelA::uidA, pelB::uidA, pelD::uidA and pelE::uidA in Erwinia chrysanthemi strains A350 (ps) and A4374 (fis). ................................... 153 Fig. 3. Quantification of the increase in pelD and pelE gene transcript accumulation in the fis background using real-time PCR analysis. .................................................................................. 154 Fig. 4. Band-shift assay for Fis-DNA binding. ........................................................................... 155 Fig. 5. DNase I footprinting of Fis, CRP, KdgR and RNAP binding at the pelB (A), pelD (B) and pelE (C) promoters. ............................................................................................................... 156-158 Fig. 6. Sequence of the pelB, pelD and pelE promoters. ............................................................ 159 Fig. 7. Fis and KdgR prevent transcription initiation at the pelD (A) and pelE (B) promoters. . 160 Fig. 8. Bacterial-number-dependent expression of pelB::uidA, pelD::uidA and pelE::uidA in Erwinia chrysanthemi parental strain and its fis, kdgR and kdgR-fis derivatives. ....................... 161 Fig. 9. Bacterial-number-dependent expression of the Pel SA present both in the supernatants and in the cell pellets in Erwinia chrysanthemi parental strain A350 and its fis derivative A4374. .......................................................................................................................................... 162 Fig. S1. Time course expression of pelA::uidA, pelB::uidA, pelD::uidA and pelE::uidA in Erwinia chrysanthemi strains A350 (ps) and A4374 (fis). .......................................................... 163 Fig. S2. Time course expression of pelB::uidA, pelD::uidA and pelE::uidA in Erwinia chrysanthemi parental strain and its fis, kdgR and kdgR-fis derivatives. ..................................... 164 Fig. S3. Time course expression of the Pel SA present both in the supernatants and in the cell pellets in Erwinia chrysanthemi parental strain A350 and its fis derivative A4374. .................. 165 Table 1. Bacterial strains, plasmids, phages and oligonucleotides used in this work. ................ 148-149 9
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