IFCPAR AR (ENGLISH) for CD - cefipra

More documents

Recommendations

Info

Centre Franco-Indien pour la Promotion de la Recherche Avancée CEFIPRA Science de la vie et santé Projet 3903-1 COMPARAISON 3-D DES PROTEINES REPRESENTEES PAR DES BLOCS Duré: Trois ans (septembre, 2008 à août, 2011) Les Blocs Protéiques (BPs) permettent de simplifier l'information structurale 3D en une représentation 1D. Utilisant cette propriété, un outil particulièrement performant pour superposer les structures protéiques a été mis au point : PB- ALIGN. Il est spécialement efficace pour superposer les régions 'flexibles'. Le projet peut être subdivisé en 3 axes principaux. Premièrement, le développement d'une nouvelle méthode d'alignement structural multiple (MSTA) basé sur PB-ALIGN, elle répond aux deux difficultés principales des MSTAs : l'efficacité et la vitesse. Deuxièmement, un tel développement rend possible l'amélioration de PALI, une base de données réputée d'alignements de structures 3D de familles homologues. L'approche augmente la pertinence des superpositions des extrémités des structures répétitives et permet la localisation des mouvements de corps rigides. Troisièmement, les collaborateurs proposent de nouvelles méthodes de prédiction des modèles structuraux 3D à l'aide des BPs, en concentrant particulièrement sur les génomes viraux. Réalisations 1. Une nouvelle matrice de substitution des Blocs Protéiques (BPs) a été obtenue pour améliorer la comparaison des structures protéiques (recodées en BPs) ; 2. Un nouveau type d'alignement (premier point majeur du résumé) a été mis au point pour améliorer à la fois la comparaison des structures 3D et la recherche des homologies structurales. De plus, une étude a été menée pour adapter le logiciel CLUSTALW qui permet l'alignement des séquences à l'alignement des structures 3D recodées en BPs ; 3. Une étude pilote a porté sur l'analyse des mouvements de corps rigides à l'aide des BPs dans la famille des kinases, ce travail a montrée un lien direct entre variations structurales et fonction protéique ; 4. La banque de données PALI a été optimisée en réalignant les régions structurellement variables de protéines homologues (second point majeur du résumé) ; 5. Des mouvements de corps rigides et des adaptions conformationnelles ont été caractérisées dans les complexes protéines-protéines amenant à la découverte de variations structurales dans des zones très éloignées de l'interface protéique. Articles de recherche publiés: Trois Articles présentés dans les conférences: 1 Dr. Alexandre G. de Brevern INSERM UMR -S 665 Dynamique des Structures et Interactions des Macromolécules Biologiques Université Paris Diderot Paris Prof. Narayanaswamy Srinivasan Molecular Biophysics Unit Indian Institute of Science Bangalore Activites de Recherche 2009-10 53
Indo-French Centre for the Promotion of Advanced Research IFCPAR Science de la vie et santé Projet 4003-2 FLEXIBILITE DES PROTEINES ET RECONNAISSANCE BIOLOGIQUE Dr. Charles Robert CNRS Institut de Biologie Physico Chimique Paris Dr. Pinak Chakrabarti Bose Institute Kolkata Durée: Trois ans (juin, 2009 à mai, 2012) Pour comprendre les aspects structurels et dynamiques de la reconnaissance moléculaire chez les protéines, les collaborateurs constituent une base de données structurales contenant des complexes protéine-protéine avec leurs composantes, et des formes polymorphes de protéines monomériques ou de sous-unités de protéines oligomériques. Si seule la structure du complexe est connue, ils cristallisent ses composantes et déterminent leur structure par diffraction X. Puis, nous utilisent la base de données pour définir des régions flexibles dans les protéines et les mouvements concertés qu'elles subissent lors de l'assemblage des complexes ou de la fixation de petites molécules. Les collaborateurs mettrons au point des paramètres physiques qui quantifient ces changements de conformation, leur dynamique et le rôle de l'hydratation aux interfaces. Cette analyse conduira à de nouvelles stratégies d'amarrage en biologie structurale et pharmacologie qui tiennent compte des changements de conformation et permettent des prédictions structurales plus fiables. Réalisations i) Observation de différences significatives dans les distributions des angles dièdres des chaînes latérales aux interfaces protéine-protéines; ii) Création d'une base de données regroupant des dimères non-obligatoires (en équilibre entre dimère et monomère) ; iii) Une analyse comparative a montré que ces dimères sont plus petits, et leurs interfaces moins bien empilés, que des homodimères obligatoires (pour lesquels aucune dissociation en monomères a été observée) ; iv) Application des modèles de réseau élastique (ENM) aux protéines isolées pour mieux comprendre la dynamique de la formation des complexes ; v) Développement d'un prototype de la base de données Flexbase destinée à accueillir les différents résultats de nos analyses de façon homogène. Articles de recherche publiés: Un Articles présentés dans les conférences: 2 54
Page 1 and 2:
CEFIPRA CENTRE FRANCO-INDIEN POUR L
Page 3 and 4:
Indo-French Centre for the Promotio
Page 5 and 6:
Page 7 and 8:
Page 9 and 10:
Page 11 and 12:
Page 13 and 14:
Page 15 and 16:
Page 17 and 18:
Page 19 and 20:
Page 21 and 22:
Page 23 and 24:
Page 25 and 26:
Page 27 and 28:
Page 29 and 30:
Page 31 and 32:
Page 33 and 34:
Page 35 and 36:
Page 37 and 38:
Page 39 and 40:
Page 41 and 42:
Page 43 and 44:
Page 45 and 46:
Page 47 and 48:
Page 49 and 50:
Page 51 and 52:
Page 53 and 54:
Page 55 and 56:
Page 57 and 58:
Page 59 and 60:
Page 61 and 62:
Page 63 and 64:
Page 65 and 66:
Page 67 and 68:
Page 69 and 70:
CEFIPRA CENTRE FRANCO-INDIEN POUR L
Page 71 and 72: Indo-French Centre for the Promotio
Page 121: Indo-French Centre for the Promotio
Page 173 and 174:
Page 175 and 176:
Page 177 and 178:
Page 179 and 180:
Page 181 and 182:
Page 183 and 184:
Page 185 and 186:
Page 187 and 188:
Page 189 and 190:
Page 191 and 192:
show all

IFCPAR AR (ENGLISH) for CD - cefipra

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?