IFCPAR AR (ENGLISH) for CD - cefipra

Indo-French Centre for the Promotion of Advanced Research
IFCPAR
Science de la vie et santé
Projet 4003-2
FLEXIBILITE DES PROTEINES ET RECONNAISSANCE
BIOLOGIQUE
Dr. Charles Robert
CNRS Institut de Biologie Physico
Chimique
Paris
Dr. Pinak Chakrabarti
Bose Institute
Kolkata
Durée: Trois ans (juin, 2009 à mai, 2012)
Pour comprendre les aspects structurels et dynamiques de la
reconnaissance moléculaire chez les protéines, les
collaborateurs constituent une base de données structurales
contenant des complexes protéine-protéine avec leurs
composantes, et des formes polymorphes de protéines
monomériques ou de sous-unités de protéines oligomériques.
Si seule la structure du complexe est connue, ils cristallisent ses
composantes et déterminent leur structure par diffraction X.
Puis, nous utilisent la base de données pour définir des régions
flexibles dans les protéines et les mouvements concertés
qu'elles subissent lors de l'assemblage des complexes ou de la
fixation de petites molécules. Les collaborateurs mettrons au
point des paramètres physiques qui quantifient ces
changements de conformation, leur dynamique et le rôle de
l'hydratation aux interfaces. Cette analyse conduira à de
nouvelles stratégies d'amarrage en biologie structurale et
pharmacologie qui tiennent compte des changements de
conformation et permettent des prédictions structurales plus
fiables.
Réalisations
i) Observation de différences significatives dans les
distributions des angles dièdres des chaînes latérales aux
interfaces protéine-protéines;
ii) Création d'une base de données regroupant des dimères
non-obligatoires (en équilibre entre dimère et monomère) ;
iii) Une analyse comparative a montré que ces dimères sont
plus petits, et leurs interfaces moins bien empilés, que des
homodimères obligatoires (pour lesquels aucune
dissociation en monomères a été observée) ;
iv) Application des modèles de réseau élastique (ENM) aux
protéines isolées pour mieux comprendre la dynamique de
la formation des complexes ;
v) Développement d'un prototype de la base de données
Flexbase destinée à accueillir les différents résultats de nos
analyses de façon homogène.
Articles de recherche publiés: Un
Articles présentés dans les conférences: 2
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