MAP - Magazine Alumni Politecnico di Milano #8 - AUTUNNO 2020 - EDIZIONE SPECIALE COVID-19

di queste mai usate e non presenti in
natura. In attesa dei risultati, se uno o
più di questi composti si riveleranno
interessanti, passare alla fase clinica
non sarà così veloce: i test per verificare
che una molecola non sia tossica per
l’uomo possono richiedere tra i 5 e i
10 anni. Proprio per questa ragione, il
progetto ha dato priorità all’analisi di
farmaci già in uso per altre patologie.
Immagini: © Exscalate
Proprio in questi giorni il progetto ha
in corso il più grande esperimento
al mondo di screening virtuale
di molecole. L'esperimento, che
coinvolge in prima fila il team di
ricerca del Politecnico di Milano, sarà
portato avanti usando per intero i due
supercomputer più potenti d'Europa:
il sistema HPC5 di ENI e il sistema
Marconi-100 del CINECA. 70miliardi di
molecole valutate in 15 siti attivi di 12
proteine del SARS-CoV-2, per un totale
di oltre mille miliardi di valutazioni.
Questo numero è ben oltre i "soli" 2
miliardi di valutazioni fatti su singola
proteina con lo stesso scopo negli
Stati Uniti all'OakRidge National Lab,
usando il secondo supercomputer
più potente al mondo, e il miliardo
valutato dallo stesso team di lavoro
DOMPE-POLIMI-CINECA contro il virus
Zika, che già erano stati considerati
esperimenti unici.
«La piattaforma EXSCALATE ha come
caratteristica peculiare quello di
essere pensata sin dall'inizio per
situazioni come quella che stiamo
vivendo in questo momento, nel quale
è necessario poter fare del calcolo
d'urgenza con una velocità che solo i
supercomputer possono raggiungere.
Oggi stiamo facendo in pochi giorni
un esperimento che solo lo scorso
anno avrebbe richiesto decine di mesi»
commenta Palermo.
La strategia di Dompè farmaceutici nel
creare questo team multidisciplinare è
risultata una strategia vincente, perchè
permette la continua collaborazione
per lo sviluppo della piattaforma
EXSCALATE da parte del Politecnico di
Milano e di CINECA in tutte le sue fasi
permettendo di accelerare il processo
computazionale per la ricerca di nuovi
farmaci e massimizzarne l’efficienza
sui supercalcolatori di nuova
generazione. «Questa è però solo la
sfida computazionale che ci coinvolge
in prima persona e che ci inebria per
l'unicità del lavoro, ma non meno
importane è il passo successivo che
rende non fine a se stessa la ricerca
fatta. I dati prodotti dalla simulazione
verranno analizzati da Dompé
farmaceutici per identificare molecole
interessanti eventualmente attive su
più proteine, ed inoltre verranno resi
disponibili alla comunità scientifica».
Grazie ai recenti investimenti decisi
dall’Italia e dall’Europa, in ottobre è
stato annunciato che il prossimo anno
presso il CINECA verrà installato un
nuovo supercomputer, Leonardo, che
dovrebbe raggiungere i 250 milioni
di miliardi di calcoli al secondo
(petaflop), 10 volte quella attuale.
Il team del Politecnico di Milano è
già pronto per questa nuova sfida,
anche grazie ad un nuovo progetto
europeo LIGATE (LIgand Generator AT
Exsascale), che vedrà nuovamente la
compagine DOMPE - POLIMI - CINECA
affiancati per altri 3 anni.
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