Online Publikation - im ZESS - Universität Siegen
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X INHALTSVERZEICHNIS<br />
3.7 Beispiel . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31<br />
3.8 Wahl der Systemgrenzen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32<br />
4 Verfügbare Software 35<br />
4.1 S<strong>im</strong>ulation ganzer Zellen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36<br />
4.2 S<strong>im</strong>ulation (bio-)chemischer Reaktionsnetzwerke . . . . . . . . . . . . . 37<br />
4.3 Exper<strong>im</strong>entelle Modellbildung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37<br />
4.4 Spezialanwendungen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38<br />
5 Präzisierung der Zielsetzung dieser Arbeit 39<br />
5.1 MMT1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39<br />
5.2 Fortsetzung des Projekts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41<br />
5.3 Rahmenbedingungen und Umsetzung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42<br />
II Methoden und Implementierung 47<br />
6 Modellfamilien als Modellierungswerkzeug 49<br />
6.1 Modellbasierte Datenauswertung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49<br />
6.2 Kinetische Varianten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51<br />
6.3 Netzwerkvarianten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53<br />
6.4 Kombinatorische Modellgenerierung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55<br />
6.5 Zusammenlegung kinetischer- und Netzwerk-Varianten . . . . . . . . . 56<br />
6.6 Ausschluss biologisch sinnloser Modelle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58<br />
6.7 Elementare Flussmoden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58<br />
7 Metabolic Modeling Markup Language - M3L 61<br />
7.1 Überblick über existierende Modellierungssprachen . . . . . . . . . . . . 61<br />
7.2 Modellvarianten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64<br />
7.3 Messdaten . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64<br />
7.4 Splines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67<br />
7.5 Verfahrensparameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69<br />
8 Source-Code Generierung 71<br />
8.1 Architektur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72<br />
8.2 Implementierung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73<br />
8.3 Hilfsprogramme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75<br />
9 Numerische Methoden 79
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