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Ergebnisse 87
Anhand der von Probe Design mitberechneten verschiedenen Sonden-Parameter wurde die
Sonde mit der Hybridisierungsstelle 444 (Pae444; Sequenz: siehe 3.7.3) ausgewählt (siehe
auch Abb. 33) und zur weiteren Überprüfung mit dem Unterprogramm PROBE MATCH auf
ihre vermutete Spezifität hin untersucht. Dabei zeigte sich, dass die Sonde ausschließlich zur
Zielsequenz des Paederus-Endosymbionten komplementär war (siehe Abb. 32) und im Falle
zur nächst verwandten Nicht-Zielsequenz (Pseudomonas aeruginosa) zwei
Basenfehlpaarungen (mismatches) aufwies. Die hohen destabilisierenden Effekte dieser
beiden mismatches sollten eine unspezifische Fehlhybridisierung der Sonde mit dem Nicht-
Zielorganismus verhindern.
Abb. 32: Ausschnitt der mit PROBE MATCH berechneten Spezifität der ausgewählten Sonde
gegenüber der Zielsequenz des Endosymbionten von Paederus riparius (horizontal eingerahmt) und
verschiedenen Nicht-Zielsequenzen (hauptsächlich Pseudomonas aeruginosa) mit mindestens zwei
mismatches (vertikal eingerahmt).
Einen sehr wichtigen Aspekt für die Auswahl der spezifischen Sonde stellte ihre ribosomale
Zugänglichkeit dar, die anhand eines von FUCHS et al. (1998) beschrieben Sekundärstruktur-
Models der 16S rRNA von E. coli (siehe Abb. 33) abgeschätzt werden konnte. Dabei musste
darauf geachtet werden, dass sich die Hybridisierungsstelle der Sonde möglichst in einem
Bereich mit hoher Zugänglichkeit und somit relativer Fluoreszenzintensität befand.