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Ergebnisse 115 1 G CAA GTC GAG CG GAA GAAG GGG GC[ A]A GCT CC CGG ATTC AGC GGC GGA CGG GT GAG TAAT A 60 61 C CTA GGG ATC TG CCT GGTA GAG GGG GAT AAC GT TCC GAAA GGG ACG CTA ATA CC GCA TAC 1 20 121 G TCC TAA GGG AG AAA GTGG GGG CTC TTC GGA CC TCA CGCT ATC AGA TGA ACC TA GGT CGG 1 80 181 A TTA GCT AGT TG GTA GGGT AAG GGC CTA CCA AG GCG ACGA TCC GTA ACT GGT CT GAG AGG 2 40 241 A TGA TCA GTC AC ACT GGAA CTG AGA CAC GGT CC AGA CTCC TAC GGG AGG CAG CA GTG GGG 3 00 301 A ATA TTG GAC AA TGG GCGC AAG CCT GAT CCA GC CAT GCCG CGT GTG TGA AGA AG GTC TTC 3 60 361 G GAT TGT AAA GC ACT TTAA GTT GGG AGG AAG GG CAG AGAG TTA ATA GCT TTC TG TTT TGA 4 20 421 C GTT ACC AAC GG AAT AAGC ACC GGC TAA CTT CG TGC CAGC AGC CGC GGT AAT AC GAA GGG 4 80 481 T GCG AGC GTT AA TCG GAAT TAC TGG GCG TAA AG CGC ACGT AGG TAG ATT TGC AA GTT GGA 5 40 541 T GTG AAA TCC C[ C]G GGCT CAA CCT GGG AAC TG CAT CCAA AAC TAC AGA GCT AG AGT ACAG T 6 00 601 A GAG GGT GGT GG AAT TTCC TGT GTA GCG GTG AA ATG CGTA GAT ATG GGA AGG AA CAC CAG 6 60 661 T GGC GAA GGC GA CCA CCTG GAC TGA TAC TGA CA CTG AGGT GCG AAA GCG TGG GG AGC AAA 7 20 721 C AGG ATT AGA TA CCC TGGT AGT CCA CGC TGT AA ACG ATGT CGA CTA GCC GTT GG AGT CCT 7 80 781 T GAG GCT TTA GT GGC GCAG CTA ACG CGA TAA GT CGA CCGC CTG GGG AGT ACG GC CGC AAG 8 40 841 G TTA AAA CTC AA ATG AATT GAC GGG GGC CCG CA CAA GCGG TGG AGC ATG TGG TT TAA TTC 9 00 901 G AAG CAA CGC GA AGA ACCT TAC CTG GCC TTG AC ATG CCGA GAA CTT TTC AGA GA TGA AGA 9 60 961 G GTG CCT TTG GG AAC TCGG ACA CAG GTG CTG CA TGG CTGT CGT CAG CTC GTG TC GTG AGA 10 20 1021 T GTT GGG TTA AG TCC CGTA ACG AGC GCA ACC CT TAT CCTC AGT TAC CAG CAC GT TAA GGT 10 80 1081 G GGC ACT CTG AG GAG ACTG CCG GTG ACA AGC CG GAG GAAG GTG GGG ATG ACG TC AAG TCA 11 40 1141 T CAT GGC CCT TA CGG CCAG GGC TAC ACA CGT GC TAC AATG GTC GGT ACA AAA GG ATG CCA 12 00 1201 A GCC GCG AGG CG GAG CTAA TCC CGA AAA CCG AT CGT AGTC CGG ATC GCA GTC TG CAA CTC 12 60 1261 G ACT GCG TGA AG TCG GAAT CGC TAG TAA TCG CG AAT CAGC ATG TCG CGG TGA AT ACG TTC 13 20 1321 C CGG GCC TTG TA CAC ACCG CCC GTC ACA CCA TG GGA GTGG GTT GCT CCA GAA GT AGC TGG 13 80 1381 T CTA ACC GCA AG GGG G 13 96 Abb. 55: Von der Firma MWG-Biotech entschlüsselte Basensequenz der 16S rDNA des aus den Anhangsdrüsen von weiblichen Paederus riparius isolierten Endosymbionten. Fett markierte Basen in eckigen Klammern stellen mismatches zur entsprechenden, von KELLNER (2001) veröffentlichten 16S- Sequenz dar, wobei A bei Kellners Sequenz einem G entspricht und C einem T. 1 G TCG AGC GGA AA AAG GGGG CAA GCT CCC GGA TT CAG CGGC GGA CGG GTG AGT AA TAC CTA 60 61 G GGA TCT ACC TG GTA GAGG GGG ATA ACG TTC CG AAA GGGA CGC TAA TAC CGC AT ACG TCC 1 20 121 T AAG GGA GAA AG TGG GGGC TCT TCG GAC CTC AC GCT ATCA GAT GAA CCT AGG TC GGA TTA 1 80 181 G CTA GTT GGT AG GGT AA[A ]GG CCT ACC AAG GC GAC GATC CGT AAC TGG TCT GA GAG GATG A 2 40 241 T CAG TCA CAC TG GAA CTGA GAC ACG GTC CAG AC TCC TACG GGA GGC AGC AGT GG GGA ATA 3 00 301 T TGG ACA ATG GG CGC AAGC CTG ATC CAG CCA TG CCG CGTG TGT GAA GAA GGT CT TCG GAT 3 60 361 T GTA AAG CAC TT TAA GTTG GGA GGA AGG GCA GA GAG TTAA TAG CTT TCT GTT TT GAC GTT 4 20 421 A CCA ACG GAA TA AGC ACCG GCT AAC TTC GTG CC AGC AGCC GCG GTA ATA CGA AG GGT GCG 4 80 481 A GCG TTA ATC GG AAT TACT GGG CGT AAA GCG CA CGT AGGT GGA TTT GCA AGT TG GAT GTG 5 40 541 A AAT CCC CGG GC TCA ACCT GGG AAC TGC ATC CA AAA CTAC AGA GCT AGA GTA CA GTA GAG 6 00 601 G GTG GTG GAA TT TCC TGTG TAG CGG TGA AAT GC GTA GATA TGG GAA GGA ACA CC AGT GGC 6 60 661 G AAG GCG ACC AC CTG GACT GAT ACT GAC ACT GA GGT GCGA AAG CGT GGG GAG CA AAC AGG 7 20 721 A TTA GAT ACC CT GGT AGTC CAC GCT GTA AAC GA TGT CGAC TAG CCG TTG GAG TC CTT GAG 7 80 781 G CTT TAG TGG CG CAG CTAA CGC GAT AAG TCG AC CGC CTGG GGA GTA CGG CCG CA AGG TTA 8 40 841 A AAC TCA AAT GA ATT GACG GGG GCC CGC ACA AG CGG TGGA GCA TGT GGT TTA AT TCG AAG 9 00 901 C AAC GCG AAG AA CCT TACC TGG CCT TGA CAT GC CGA GGAC TTT TCA GAG ATG AA GAG GTG 9 60 961 C CTT TGG GAA CT CGG ACAC AGG TGC TGC ATG GC TGT CGTC AGC TCG TGT CGT GA GAT GTT 10 20 1021 G GGT TAA GTC CC GTA ACGA GCG CAA CCC TTA TC CTC AGTT ACC AGC ACG TTA AG GTG GGC 10 80 1081 A CTC TGA GGA GA CTG CCGG TGA CAA GCC GGA GG AAG GTGG GGA TGA CGT CAA GT CAT CAT 11 40 1141 G GCC CTT ACG GC CAG GGCT ACA CAC GTG CTA CA ATG GTCG GTA CAA AAG GAT GC CAA GCC 12 00 1201 G CGA GGC GGA GC TAA TCCC GAA AAC CGA TCG TA GTC CGGA TCG CAG TCT GCA AC TCG ACT 12 60 1261 G CGT GAA GTC GG AAT CGCT AGT AAT CGC GAA TC AGC ATGT CGC GGT GAA TAC GT TCC CGG 13 20 1321 G CCT TGT ACA CA CCG CCCG TCA CAC CAT GGG AG TGG GTTG CTC CAG AAG TAG CT GGT CTA 13 80 1381 A CCG CAA GGG AG -AA GGT 13 97 Abb. 56: Von der Firma MWG-Biotech entschlüsselte Basensequenz der 16S rDNA des aus den Anhangsdrüsen von weiblichen Paederus sabeus isolierten Endosymbionten. Fett markierte Basen in eckigen Klammern stellen mismatches zur entsprechenden, von KELLNER (2001) veröffentlichten 16S- Sequenz dar, wobei A bei Kellners Sequenz einem G entspricht. Der BLAST-Vergleich der beiden oben aufgeführten 16S-Sequenzen miteinander ergab eine 99,6%ige Übereinstimmung in der Basenabfolge mit insgesamt 5 mismatches (KELLNER 2001): 8 mismatches).
Ergebnisse 116 3.11.3 RFLP-Analyse der 16S ribosomalen DNA Mit den von KELLNER (2001) veröffentlichten 16S-Sequenzen der Endosymbionten von Paederus riparius und Paederus sabeus wurde ein virtuelles Schnittmuster am Computer erstellt. Dieses Muster wurde anschließend mit den in vitro erhaltenen Fragmenten der amplifizierten 16S rDNAs der beiden isolierten Endosymbionten verglichen. Zum Vergleich wurden zusätzlich die 16S rDNAs von drei nahverwandten Pseudomonaden virtuell und in vitro mitverdaut (Datenbanknummern: AE004844, D84013, D84020). Die folgenden Abbildungen (Abb. 57 A-D) zeigen für alle drei Restriktionsenzyme (Bsh1236I, MboI, RsaI) die virtuellen Schnittmuster und Fragmentgrößen im Vergleich zur elektrophoretischen Auftrennung der in vitro erzeugten Fragmente auf einem 2%igen Agarosegel. AGAGTTT 7 [MboI]GATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAA[G]AAGGGGGC[G]A GCTCCCGGATTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAATACCTAGG 115 [MboI]GATCT[G]CCTGGTAGAGGGGGATAACGTTCCGAAAG GGACGCTAATACCGCATACGTCCTAAGGGAGAAAGTGGGGGCTCTTCGGACCTCACGCTATCAGATGAACCTAGGTCGGATTA GCTAGTTGGTAGGGTAAGGGCCTACCAAGGCGAC 267 [MboI]GATCCGTAACTGGTCTGAGAGGAT 291 [MboI]GATCAGTCACAC TGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCT 374 [MboI]GATCCA GCCATGCCG 389 [Bsh1236I]CGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCAGAGAGTTAAT AGCTTTCTGTTTTGACGTTACCAACGGAATAAGCACCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCG 514 [Bsh1236I]CGGTAATACGAAGG GTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGT[A]GATTTGCAAGTTGGATGTGAAATCCC[T]GGGCTCAA CCTGGGAACTGCATCCAAAACTACAGAGCTAGAGT 644 [RsaI]ACAGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGC GTAGATATGGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAA CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGTCGACTAGCCGTTGGAGTCCTTGAGGCTTTAGTGGCGCAGCTAA CG 854 [Bsh1236I]CGATAAGTCGACCGCCTGGGGAGT 878 [RsaI]ACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCG CACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACG 958 [Bsh1236I]CGAAGAACCTTACCTGGCCTTGACATGCCGAG[A]AC TTTTCAGAGATGAAGAGGTGCCTTTGGGAACTCGGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGG TTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTTATCCTCAGTTACCAGCACGTTAAGGTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCGGTGACAAG CCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCGGT 1235 [RsaI]A CAAAAGGATGCCAAGCCG 1254 [Bsh1236I]CGAGGCGGAGCTAATCCCGAAAACC 1279 [MboI]GATCGTAGTCCG 1291 [MboI]GAT CGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCG 1340 [Bsh1236I]CGAATCAGCATGTCG 1355 [Bsh1236I]CG GTGAATACGTTCCCGGGCCTTGT 1380 [RsaI]ACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCTCCAGAAGTAGCTGGTCTAA CCGCAAGGG[G]GAAGGTTACCACGGAGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA[A]CCGTA Abb. 57 A: Übersicht der mit dem Onlinetool IncisiEnz (http://www.biorcgld.org/public/home.php) virtuell erzeugten Schnittstellen der drei Restriktionsenzyme auf der von KELLNER (2001) veröffentlichten Basensequenz der 16S rDNA des Endosymbionten von Paederus riparius. Fett markierte, in eckigen Klammern stehende Basen stellen die acht mismatches zur von KELLNER (2001) veröffentlichten 16S-Sequenz des Endosymbionten von Paederus sabeus dar, wobei A einem G entspricht und umgekehrt. T entspricht einem C. Dabei stimmen die mit Bsh1236I in vitro erzeugten Schnittfragmente der 16S rDNAs der beiden Endosymbionten mit den virtuellen bis auf ein zusätzliches Fragment (ca. 280 Basenpaare) im Falle des Endosymbionten von Paederus sabeus (siehe Abb. 57 B, unten
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Lokalisierung und molekulare Charak
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Abkürzungen XIII Abkürzungen aqua
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Einleitung 1 1. Einleitung 1.1 Allg
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Literaturverzeichnis 165 TAYLOR, D.
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Anhang 1 i Anhang 1 2.8.1 Verfestig
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Anhang 1 v 2.8.1.2.03 EMB-Agar (Eos
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Anhang 1 xi Casein-Hydrolysat 10,0
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Anhang 1 xvii 2.8.3.4.02 Trehalose-
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Danksagung Mein herzlicher Dank gil
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