Isolierung und Charakterisierung von Bakterien aus ...

Kapitel 2
Tabelle 16: Herkunft der Sedimentproben und die Verwandtschaft der Isolate zu Bacillus amyloliquefaciens
(DSM 7 T ).
Isolat Gebiet Similarität (%)
D21a Timor Graben 99,7
M2 östliches Grönlandbecken 99,7
gtK5 Südfeld Lilliput 99,6
gtI11 Urania 99,8
C4 Gotlandbecken 99,8
C5 Gotlandbecken 99,8
B45 östliches Grönlandbecken 99,5
gtH22 Panarea 99,8
gtH2 Panarea 99,8
gtH1 Panarea 99,8
Nachweis von Sekundärmetabolit-Genclustern
Mit spezifischen Primern, die in der PCR eingesetzt wurden, fanden sich Hinweise für
Sekundärmetabolit-Gencluster wie NRPS, PKS I + II in den B. amyloliquefaciens Isola-
ten. Dabei zeigte sich, dass neun von zehn untersuchten Isolaten Amplifikate der erwar-
teten Fragmentlänge von ca. 300 bp für nicht-ribosomale Peptidsynthetasen aufwiesen
(Abbildung 16). Mit dem Primerpaar K1f und M6r konnten keine Amplifikate für die
Polyketidsynthase I erhalten werden. Somit gibt es keine Hinweise auf die Existenz von
PKS I in den zehn B. amyloliquefaciens Isolaten. Für die Polyketidsynthase II konnte
einzig in dem Isolat gtH22 ein positives Amplifikat erhalten werden (Tabelle 17).
C4 C5 B45 D21a M2 gtK5 gtI11 gtH1 gtH2 gtH22 + - Marker
Abbildung 16: Agarose Gelbild für die Amplifikationen der A-Domäne einer NRPS der B. amyloliquefaciens
Isolate. Roter Kreis: Amplifikat mit ca.300 bp.
66
1000 bp
500 bp
300 bp
200 bp