Protocols and Applications Guide (US Letter Size) - Promega

CONTENTS
IX. DNA Purification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9.1
General Considerations for Plasmid DNA Purification . . . . . . . . . . 9.6
Factors That Affect Plasmid DNA Quality and Yield . . . . . . . . . . . . 9.8
Plasmid DNA Purification Systems. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.10
Plasmid DNA Purification Protocol
Featuring the PureYield Plasmid Midiprep System . . . . . . . . . . 9.16
Genomic DNA Isolation Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.18
Genomic DNA Purification Protocol Featuring the
Wizard ® Genomic DNA Purification Kit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9.27
Specialized Genomic DNA Purification Protocol. . . . . . . . . . . . . . 9.29
Fragment/PCR Product Purification Systems . . . . . . . . . . . . . . . . 9.31
Fragment/PCR Product Purification Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . 9.34
Composistion of Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .9.35
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9.35
X. Cell Imaging . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10.1
HaloTag ® Technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10.1
Monster Green ® Fluorescent Protein phMGFP Vector . . . . . . . . 10.9
Antibodies and Other Cellular Markers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10.10
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10.17
XI. Protein Purifcation and Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.1
Affinity Tags . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.1
Purification of Polyhistidine-Tagged Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . 11.1
Purification of GST-Tagged Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.9
Purification of Biotinylated Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.11
Protein:Protein Interaction Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.13
Analysis of DNA:Protein Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.19
Proteomics Approaches for the Analysis of
Complex Mixtures of Proteins. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.20
SDS-PAGE Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .11.24
Composition of Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.25
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.26
PROTOCOLS & APPLICATIONS GUIDE
XII. Transfection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12.1
General Considerations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12.3
Factors Influencing Transfection Efficiency . . . . . . . . . . . . . . . . . 12.4
Optimization of Transfection Efficiency . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12.5
Promega Transfection Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .12.7
General Transfection Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12.8
Stable Transfection. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .12.12
Composition of Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12.12
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .12.13
XIII. Cloning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.1
Promega Products for Cloning. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13.1
PCR Cloning Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13.11
Cloning Protocol for the Flexi ® Vector Systems. . . . . . . . . . . . . 13.15
Supplemental Cloning Protocols . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13.20
Composition of Solutions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13.21
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .13.22
XIV.DNA-Based Human Indentification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.1
DNA Purification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.2
Differential Extraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.3
DNA Quantitation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.4
STR Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .14.5
Automation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .14.6
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14.7