Computational tools and Interoperability in Comparative ... - CBS

Appendix D
Appendix: Software
D.1 fetchgbk manual
S Y N O P S I S
f e t c h g b k − d o w n l o a d s g e n b a n k / r e f s e q r e c o r d s i n g e n b a n k f o r m a t , s p e c i f y i n g e i t h e r
a c c e s s i o n s n u m b e r , a c c e s s i o n r a n g e s , o r p r o j e c t i d .
f e t c h g b k (−h ) (−p [ P R O J E C T _ I D ] ) (−a [ A C C E S S I O N / R A N G E ] ) (−d [ D A T A B A S E ] )
D E S C R I P T I O N
W h e n d e f i n i n g t h e p r o j e c t id , u s i n g −p o p t i o n , o p t i o n −a i s i g n o r e d a n d a l l
a c c e s s i o n n u m b e r s f o r a l l s e g m e n t s o f t h a t p r o j e c t , a r e f e t c h e d f r o m t j e p r o j e c t .
W h e n u s i n g t h e −p o p t i o n , t h e −d o p t i o n i s i n e f f e c t , a l l o w i n g y o u t o c o n t r o l w h i c h
d a t a b a s e t o u s e ( r e f s e q / g e n b a n k )
W h e n u s i n g t h e −a o p t i o n , t h e p r o g r a m w i l l r e t r i e v e o n l y t h a t a c c e s s i o n ( o r r a n g e
o f a c c e s s i o n s ) . I t w i l l i g n o r e t h e −d o p t i o n . T h e p r o g r a m p r i n t e s g e n b a n k f o r m a t
d a t a t o s t d o u t . O p t i o n −l i s u s e d t o s h o w o n l y a T A B s e p a r a t e d l i s t s h o w i n g a c c e s s i o n
a n d s e g m e n t n a m e
V E R S I O N
2008 −08 −15: v e r s i o n 1 . 0 c r e a t e d / p f h
−p [ n u m b e r ]
T h e N C B I G e n o m e P r o j e c t n u m b e r , l i k e w h a t c a n b e f o u n d h e r e :
h t t p : / / w w w . n c b i . n l m . n i h . g o v / g e n o m e s / l p r o k s . c g i . T h i s o p t i o n o v e r r u l e s t h e −a o p t i o n .
−a [ a c c e s s i o n n o . o r a c c e s s i o n n u m b e r r a n g e ]
W h e n u s i n g t h i s o p t i o n , t h e p r o g r a m i s i n s t r u c t e d t o d o w n l o a d o n l y t h i s r e c o r d ( o r
t h e s e r e c o r d s , o f a r a n g e i s d e f i n e d ) . T h e −d o p t i o n i s i g n o r e d
−d [ g e n b a n k / r e f s e q ]
C h o i c e o f d a t a b a s e . H a s o n l y e f f e c t w h e n u s i n g o p t i o n −p .
−l
B o o l e a n , i n s t r u c t i n g t h e p r o g r a m n o t t o s h o w g e n b a n k r e c o r d s , b u t o n l y l i s t s e g m e n t
n a m e s f o r e a c h a c c e s s i o n .
−h
S h o w i n g t h i s h e l p p a g e
E X A M P L E S
f e t c h g b k −p 19391 −d r e f s e q | g r e p L O C U S
f e t c h g b k −p 19391 −d g e n b a n k | g r e p L O C U S
f e t c h g b k −a N Z _ A B I Z 0 0 0 0 0 0 0 0 | g r e p L O C U S
f e t c h g b k −a N Z _ A B I H 0 1 0 0 0 0 0 1 −N Z _ A B I H 0 1 0 0 0 0 3 8 | g r e p L O C U S
f e t c h g b k −a C P 0 0 0 8 9 6 | g r e p L O C U S
f e t c h g b k −p 12997 −d r e f s e q −l
A U T H O R
P e t e r F i s c h e r H a l l i n , A u g u s t 2008 , p f h @ c b s . d t u . d k
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