Computational tools and Interoperability in Comparative ... - CBS

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13 i f ( d e f i n e d $ A R G V [ 0 ] ) {
14 @ L I N E S = r e a d _ m o d ( $ A R G V [ 0 ] ) ;
15 } e l s e {
16 w h i l e (< D A T A >) {
17 p r i n t ;
18 }
19 c l o s e D A T A ;
20 d i e " n o m o d e l p r o v i d e d . t e m p l a t e m o d e l d u m p e d \ n " ;
21 }
22
23 m y $ p w m i d = −1;
24 p r i n t " # t h i s i s t h e m o d e l : \ n " ;
25 f o r e a c h ( @ L I N E S ) {
26 p r i n t " # $ _ \ n " ;
27 i f ( / ˆ \ [ p w m \ ] \ s∗=\s ∗ ( . ∗ ) /) {
28 $ p w m i d ++;
29 p u s h @ P W M , " $ p w m i d : $ 1 " ;
30 }
31 m y $ p w m = $ P W M [$# P W M ] ;
32 $ s e t u p { $ p w m }{ $ 1 } = $ 2 i f /ˆ(\ w+)\ s∗=\s ∗([\.\ −0 −9]+) / ;
33 n e x t u n l e s s / ˆ \ [ ( [ A T G C ]+) \ ] / ;
34 m y @ F = s p l i t / [ \ s \ t ] + / ;
35 s h i f t @ F ;
36 e r r ( " p w m n o t d e f i n e d " ) u n l e s s d e f i n e d $ p w m ;
37 @ { $ m a t r i x { $ p w m }{ $ 1 }} = @ F ;
38 $ m a t r i x { $ p w m }{ c o u n t } [ $ _ ] += $ F [ $ _ ] f o r e a c h ( 0 . . $#F ) ;
39 }
40
41 # make a lookup t a b l e o f d i s t a n c e i n f o r m a t i o n measure
42 m y %S P A C E R _ L O O K U P ;
43 f o r e a c h m y $ s p a c e r ( k e y s %s e t u p ) {
44 m y $ m i n = $ s e t u p { $ s p a c e r }{ m i n } ;
45 m y $ m a x = $ s e t u p { $ s p a c e r }{ m a x } ;
46 m y $ c e n t e r = $ s e t u p { $ s p a c e r }{ c e n t e r } ;
47 p r i n t f " # p a r s i n g a c c e s s i b i l i t y f o r $ s p a c e r ( m i n = $ m i n , m a x = $ m a x , c e n t e r = $ c e n t e r ) \ n " ;
48 m y $ n = 0 ;
49 $ n += 1 + c o s ( ( ( 2 ∗ $ p i ) / 1 0 . 6 ) ∗ ( $ _ − $ c e n t e r ) ) f o r e a c h ( $ m i n . . $ m a x ) ;
50 f o r e a c h m y $ d ( $ m i n . . $ m a x ) {
51 i f ( $ c e n t e r e q " " ) {
52 $ S P A C E R _ L O O K U P { $ d }{ $ m i n }{ $ m a x }{ $ c e n t e r } = 0 ;
53 } e l s e {
54 $ S P A C E R _ L O O K U P { $ d }{ $ m i n }{ $ m a x }{ $ c e n t e r } = −(−l o g ( ( 1 + c o s ( ( ( 2 ∗ $ p i ) / 1 0 . 6 ) ∗ ( $ d
− $ c e n t e r ) ) ) / $ n ) / l o g ( 2 ) ) ;
55 }
56 p r i n t f " # d = % d , s c o r e = % 0 . 2 f \ n " , $d , $ S P A C E R _ L O O K U P { $ d }{ $ m i n }{ $ m a x }{ $ c e n t e r } ;
57 }
58 }
59
60 # compute matrix based o f f r e q u e n c i e s
61 f o r e a c h m y $ p w m ( k e y s %m a t r i x ) {
62 p r i n t " # p r e p a r i n g m a t r i x ’ $ p w m ’\ n " ; ;
63 f o r e a c h m y $ l e t t e r ( q w / A T G C /) {
64 p r i n t " # [ $ l e t t e r ] " ;
65 f o r e a c h m y $ i ( 0 . . $#{ $ m a t r i x { $ p w m }{ A }} ) {
66 m y $ i 1 = " - " ;
67 m y $ i 2 = s p r i n t f ( ’ % 5 s ’ , ’ - ’ ) ;
68 i f ( $ m a t r i x { $ p w m }{ $ l e t t e r } [ $ i ] > 0 ) {
69 $ i 1 = 2 + l o g ( $ m a t r i x { $ p w m }{ $ l e t t e r } [ $ i ] / $ m a t r i x { $ p w m }{ c o u n t } [ $ i ] ) / l o g ( 2 ) − 0 ;
70 $ i 2 = s p r i n t f ( ’ % 5 s ’ , s p r i n t f ( ’ % 0 . 2 f ’ , $ i 1 ) ) ;
71 }
72 $ m a t r i x { $ p w m }{ $ l e t t e r } [ $ i ] = $ i 1 i f $ i 1 n e " - " ;
73 p r i n t " \ t $ i 2 " ;
74 }
75 p r i n t " \ n " ;
76 }
77 }
78
79 # l o o p o v e r a l l s e q u e n c e s i n i n p u t
80 m y @ i n p = &r e a d _ f a s t a ;
81 f o r e a c h m y $ s ( 0 . . $#i n p ) {
82 m y $ s e q = $ i n p [ $ s ]−>{ s e q } ;
83 p r i n t f " # S E Q U E N C E % s \ n " , $ i n p [ $ s ]−>{ i d } ;
84 p r i n t f " # % d b p \ n " , l e n g t h ( $ s e q ) ;
85 m y %L E N ;
86 m y %B I T ;
87 f o r e a c h m y $ p w m ( @ P W M ) {
88 p r i n t " # g e n e r a t i n g b i t s c o r e s f o r m a t r i x ’ $ p w m ’\ n " ;
89 @ { $ B I T { $ p w m }} = &s c a n ( $ s e q ,%{ $ m a t r i x { $ p w m }}) ;
90 $ L E N { $ p w m } = s c a l a r ( @ { $ m a t r i x { $ p w m }{ A }}) ;
91 p r i n t f " # % d e l e m e n t s i n a r r a y \ n " , s c a l a r ( @ { $ B I T { $ p w m }} ) ;
92 }
93 f o r e a c h m y $ p ( 0 . . ( l e n g t h ( $ s e q ) − $ L E N { $ P W M [ 0 ] } ) ) {
94 p r i n t f " # c o n s i d e r i n g p o s i t i o n % d ( r o o t m o d e l ) \ n " , $ p + 1 ;
95 # f i n d the s c o r e o f the i n i t i a l matrix , f o r t h i s g i v e n p o s i t i o n
96 m y $ w = $ s e t u p { $ P W M [ 0 ] } { w e i g h t } ;
97 m y $ f s i = $ B I T { $ P W M [ 0 ] } [ $ p ] ∗ $ w ;
98 m y $ o f f s e t = $ p ;
99 m y $ s i g n a l = s u b s t r ( $ s e q , $ o f f s e t , $ L E N { $ P W M [ 0 ] } ) ;
100 m y $ s = s p r i n t f " % s \ t % 0 . 2 f " , $ s i g n a l , $ f s i ;
101
102 f o r e a c h m y $ p w m _ i n d e x (1 . . $#P W M ) {
103 m y $ p w m = $ P W M [ $ p w m _ i n d e x ] ;
104 m y $ w = $ s e t u p { $ p w m }{ w e i g h t } ;
105
106 # g e t the s p a c i n g d e t a i l s f o r the upstream s p a c e r
107 m y $ p r e v _ p w m = $ P W M [ $ p w m _ i n d e x − 1 ] ;
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