Computational tools and Interoperability in Comparative ... - CBS

Appendix: Software
109 m y ( $ m i n , $ m a x , $ c e n t e r ) = ( $ s e t u p { $ p r e v _ p w m }{ m i n } ,
110 $ s e t u p { $ p r e v _ p w m }{ m a x } , $ s e t u p { $ p r e v _ p w m }{ c e n t e r }) ;
111
112 m y $ o p t _ s p a c e r ;
113 m y $ o p t _ u n i t _ s c o r e ;
114
115 # c a l c u l a t e u n i t s c o r e s f o r each o f the s p a c i n g c o n f i g u r a t i o n s
116 # A u n i t i s the s p a c e r and the f o l l o w i n g matrix . We s e a r c h f o r the
117 # s p a c e r g i v i n g r i s e t o the h i g h e s t u n i t s c o r e
118
119 p r i n t f " # a d j u s t i n g s p a c e r d o w n s t r a m o f ’ $ p w m ’\ n " ;
120
121 f o r e a c h m y $ s p a c e r ( $ m i n . . $ m a x ) {
122 # don ’ t c o n t i n u e , o f the o f f s e t g o e s beyond z e r o . . .
123 l a s t i f $ o f f s e t − $ L E N { $ p w m } − $ s p a c e r < 0 ;
124 n e x t i f $ B I T { $ p w m } [ $ o f f s e t − $ L E N { $ p w m } − $ s p a c e r ] ∗ $ w < $ s e t u p { $ p w m }{ t h r e s h o l d } a n d
d e f i n e d $ s e t u p { $ p w m }{ t h r e s h o l d } ;
125
126 # i f no o p t i m a l s p a c e r i s d e c l a r e d y e t ( e . g . b e c a u s e t h i s i s
127 # the f i r s t round ) then do i t now
128 $ o p t _ s p a c e r = $ s p a c e r u n l e s s d e f i n e d $ o p t _ s p a c e r ;
129 m y $ t e s t _ u n i t _ s c o r e = $ B I T { $ p w m } [ $ o f f s e t − $ L E N { $ p w m } − $ s p a c e r ] ∗ $ w + $ S P A C E R _ L O O K U P {
$ s p a c e r }{ $ m i n }{ $ m a x }{ $ c e n t e r } ;
130 p r i n t f " # s p a c e r : % d , s c o r e : % 0 . 1 f ( % 0 . 1 f + % 0 . 1 f ) \ n " , $ s p a c e r , $ t e s t _ u n i t _ s c o r e ,
$ B I T { $ p w m } [ $ o f f s e t − $ L E N { $ p w m } − $ s p a c e r ] , $ S P A C E R _ L O O K U P { $ s p a c e r }{ $ m i n }{ $ m a x }{
$ c e n t e r } ;
131 $ o p t _ u n i t _ s c o r e = $ t e s t _ u n i t _ s c o r e u n l e s s d e f i n e d $ o p t _ u n i t _ s c o r e ;
132 i f ( $ t e s t _ u n i t _ s c o r e > $ o p t _ u n i t _ s c o r e ) {
133 $ o p t _ s p a c e r = $ s p a c e r ;
134 $ o p t _ u n i t _ s c o r e = $ t e s t _ u n i t _ s c o r e ;
135 }
136 } # f o r e a c h my $ s p a c e r
137
138 # o f f s e t i s where the c u r r e n t pwm s t a r t s
139 $ o f f s e t = $ o f f s e t − $ L E N { $ p w m } − $ o p t _ s p a c e r ;
140
141 p r i n t f " # n e w o f f s e t % d \ n " , $ o f f s e t ;
142
143 i f ( ! d e f i n e d $ o p t _ u n i t _ s c o r e ) {
144 p r i n t f " # u n a b l e t o d e t e r m i n e s p a c e r \ n " ;
145 $ s .= s p r i n t f " \ t - \ t % s \ t - " , ( ’ - ’ x $ L E N { $ p w m }) ;
146 n e x t ;
147 } e l s e {
148 p r i n t f " # s p a c e r $ o p t _ s p a c e r c h o s e n , u n i t ’% s ’ g i v e s s c o r e % 0 . 1 f \ n " , $ p w m ,
$ o p t _ u n i t _ s c o r e ;
149 $ f s i += $ o p t _ u n i t _ s c o r e ;
150 m y $ s i g n a l = s u b s t r ( $ s e q , $ o f f s e t , $ L E N { $ p w m }) ;
151 $ s .= s p r i n t f " \ t % d \ t % s \ t % 0 . 2 f " , $ o p t _ s p a c e r , $ s i g n a l , $ f s i ;
152 }
153 } # f o r e a c h my $pwm index
154 # p r i n t the f i n a l b i t s c o r e
155 p r i n t f " % d \ t % 0 . 2 f \ t % s \ t \ n " , ( $ p +1) , $ f s i , $ s ;
156 } # my $p = 0
157 } # f o r ( $s = 0 . . . .
158
159
160 #######################################
161 # HELPER FUNCTIONS
162 #######################################
163
164
165 # scan u s i n g a matrix o f i n f o r m a t i o n
166 s u b s c a n {
167 m y @ a ;
168 m y ( $s ,% m ) = @ _ ;
169 m y $ m a = $#{$ m { A } } ;
170 f o r e a c h m y $ p ( 0 . . ( l e n g t h ( $ s )−$#{$ m { A }} −1 ) ) {
171 m y $ R i = 0 ;
172 $ R i += $ m { s u b s t r ( $s , $ p+$_ , 1 ) } [ $ _ ] f o r e a c h ( 0 . . $ m a ) ;
173 p u s h @ a , $ R i ;
174 }
175 # r e t u r n a l i s t having n−l +1 e l e m e n t s e h e r e n i s the s e q u e n c e l e n g t h ,
176 # n i s the matrix s i z e ( f o r −10 ( hexamer , n=6)
177 r e t u r n @ a ;
178 }
179
180 ###############################################################
181 # s p a c e r b i t s c o r e c a l c u l a t i o n s c o o r d i n a t e s a r e s h i f t e d 6bp
182 ###############################################################
183
184 s u b r e a d _ m o d {
185 m y @ r e t ;
186 m y $ f n = $ _ [ 0 ] ;
187 m y $ i ;
188 o p e n $ i , $ f n o r e r r ( " u n a b l e t o o p e n f i l e ’ $ f n ’: $ ! \ n " ) ;
189 w h i l e ( r e a d l i n e ( $ i ) ) {
190 c h o m p ;
191 i f (/ˆ#\ s ∗ i n c l u d e \ s ∗ ( . ∗ ) /) {
192 m y @ a = r e a d _ m o d ( $ 1 ) ;
193 p u s h @ r e t , @ a ;
194 } e l s e {
195 n e x t i f / ˆ [ \ s \#] + / ;
196 n e x t u n l e s s /ˆ\ S +/;
197 p u s h @ r e t , $ _ ;
198 }
199 }
200 c l o s e $ i ;
171