Computational tools and Interoperability in Comparative ... - CBS

BIBLIOGRAPHY
Bibliography
S. F. Altschul, T. L. Madden, A. A. Schaffer, J. Zhang, Z. Zhang, W. Miller, & D. J.
Lipman (1997). ‘Gapped blast and psi–blast: a new generation of protein database
searchprograms.’ Nucleic Acids Res 25:3389–402.
B. F. Bauer, E. G. Kar, R. M. Elford, & W. M. Holmes (1988). ‘Sequence determinants
for promoter strength in the leuv operon of Escherichia coli.’ Gene 63:123–34.
J. Besemer, A. Lomsadze, & M. Borodovsky (2001). ‘GeneMarks: a self–training method
for prediction of gene starts in microbial genomes. Implications for finding sequence
motifs in regulatory regions.’ Nucleic Acids Res 29:2607–18.
T. T. Binnewies, P. F. Hallin, H.-H. Staerfeldt, & D. W. Ussery (2005). ‘Genome Update:
proteome comparisons.’ Microbiology 151:1–4.
T. T. Binnewies, Y. Motro, P. F. Hallin, O. Lund, D. Dunn, T. La, D. J. Hampson,
M. Bellgard, T. M. Wassenaar, & D. W. Ussery (2006). ‘Ten years of bacterial genome
sequencing: comparative–genomics–baseddiscoveries.’ Funct Integr Genomics 6:165–85.
E. Birney, J. A. Stamatoyannopoulos, A. Dutta, R. Guigo, T. R. Gingeras, E. H. Margulies,
Z. Weng, M. Snyder, E. T. Dermitzakis, R. E. Thurman, M. S. Kuehn, C. M.
Taylor, S. Neph, C. M. Koch, S. Asthana, A. Malhotra, I. Adzhubei, J. A. Greenbaum,
R. M. Andrews, P. Flicek, P. J. Boyle, H. Cao, N. P. Carter, G. K. Clelland, S. Davis,
N. Day, P. Dhami, S. C. Dillon, M. O. Dorschner, H. Fiegler, P. G. Giresi, J. Goldy,
M. Hawrylycz, A. Haydock, R. Humbert, K. D. James, B. E. Johnson, E. M. Johnson,
T. T. Frum, E. R. Rosenzweig, N. Karnani, K. Lee, G. C. Lefebvre, P. A. Navas, F. Neri,
S. C. J. Parker, P. J. Sabo, R. Sandstrom, A. Shafer, D. Vetrie, M. Weaver, S. Wilcox,
M. Yu, F. S. Collins, J. Dekker, J. D. Lieb, T. D. Tullius, G. E. Crawford, S. Sunyaev,
W. S. Noble, I. Dunham, F. Denoeud, A. Reymond, P. Kapranov, J. Rozowsky,
D. Zheng, R. Castelo, A. Frankish, J. Harrow, S. Ghosh, A. Sandelin, I. L. Hofacker,
R. Baertsch, D. Keefe, S. Dike, J. Cheng, H. A. Hirsch, E. A. Sekinger, J. Lagarde,
J. F. Abril, A. Shahab, C. Flamm, C. Fried, J. Hackermuller, J. Hertel, M. Lindemeyer,
K. Missal, A. Tanzer, S. Washietl, J. Korbel, O. Emanuelsson, J. S. Pedersen, N. Holroyd,
R. Taylor, D. Swarbreck, N. Matthews, M. C. Dickson, D. J. Thomas, M. T.
Weirauch, J. Gilbert, J. Drenkow, I. Bell, X. Zhao, K. G. Srinivasan, W.-K. Sung, H. S.
Ooi, K. P. Chiu, S. Foissac, T. Alioto, M. Brent, L. Pachter, M. L. Tress, A. Valencia,
S. W. Choo, C. Y. Choo, C. Ucla, C. Manzano, C. Wyss, E. Cheung, T. G. Clark,
J. B. Brown, M. Ganesh, S. Patel, H. Tammana, J. Chrast, C. N. Henrichsen, C. Kai,
J. Kawai, U. Nagalakshmi, J. Wu, Z. Lian, J. Lian, P. Newburger, X. Zhang, P. Bickel,
J. S. Mattick, P. Carninci, Y. Hayashizaki, S. Weissman, T. Hubbard, R. M. Myers,
174