Thèse Mfegue - Montpellier SupAgro

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Figure 22. Choix du nombre de populations k par la méthode d’Evanno (Evanno et al., 2005). .................................................................................................................................................. 67 Figure 23. Profils d’assignation des représentants de MLG dans l’échantillon global de P. megakarya, obtenus avec STRUCTURE pour k=2 à 7. ........................................................... 68 Figure 24. Distribution des isolats de P. megakarya dans les groupes STRUCTURE ............ 70 Figure 25. Répartition géographique des 7 clusters Geneland et cartes des probabilités d’assignation de l’ensemble des individus aux différents clusters. .......................................... 73 Figure 26. Distribution des isolats de P. megakarya dans les clusters Geneland .................... 75 Figure 27. Distribution des groupes génétiques de P. megakarya. .......................................... 78 Figure 28. Cabosses infectées en champ. ................................................................................. 93 Figure 29. Schéma d'échantillonnage du sol dans les cacaoyères. ........................................... 96 Figure 30. Piégeage des Phytophthora en boite de Pétri sur milieu sélectif PARPH............... 97 Figure 31. Piégeage de P. megakarya par inoculation des suspensions de sol sur des cabosses saines. ....................................................................................................................................... 98 Figure 32. Localisation des 2 zones d’étude au Cameroun : Ngomedzap dans la zone forestière (sud) et Bokito dans la zone de savane. ................................................................... 99 Figure 33. Cartographie des cacaoyers et de l’ombrage dans 4 parcelles. ............................. 104 Figure 34. Progression du nombre cumulé de cabosses pourries dans les 4 parcelles de Ngomedzap et Bokito en 2007 et 2008. ................................................................................. 111 Figure 35. Progression de l’incidence de la maladie (taux de pourriture) dans les 4 parcelles de Ngomedzap et Bokito en 2007 et 2008. ............................................................................ 112 Figure 36. Distribution des niveaux d’ombrage dans les 2 parcelles de Ngomedzap (zone forestière) et une parcelle de Bokito (zone de savane). .......................................................... 114 Figure 37. Ajustement linéaire entre le niveau d’ombrage et l’incidence de la maladie aux semaines 1 et 15 dans la parcelle Mebenga en 2007. ............................................................. 116 Figure 38. Semivariogrammes ajustés aux valeurs de sévérité de la maladie dans les 2 parcelles de Ngomedzap en 2007. .......................................................................................... 120 Figure 39. Cartes de sévérité de la maladie dans les parcelles au cours des campagnes 2007 et 2008. ....................................................................................................................................... 122 Figure 40. Etat des parcelles Mebenga, Cosmas (Ngomedzap) et Emessienne (Bokito) à la fin des campagnes 2007 et 2008. ................................................................................................. 123 10
LISTE DES TABLEAUX Tableau 1. Principales maladies du cacaoyer. .......................................................................... 31 Tableau 2. Effectifs des isolats de P. megakarya par période de collecte et par pays et zones au Cameroun. ........................................................................................................................... 48 Tableau 3. Fis dans les populations de P. megakarya du Cameroun définies sur des bases géographiques. .......................................................................................................................... 55 Tableau 4. Déséquilibre de liaison dans les populations de P. megakarya du Cameroun définies sur des bases géographiques. ...................................................................................... 56 Tableau 5. Distribution des classes de MLG dans l'échantillon global. ................................... 57 Tableau 6. Distribution géographique des 11 MLG répétés plus de 10 fois. ........................... 59 Tableau 7. Diversité génique et richesse allélique de P. megakarya dans les zones géographiques. .......................................................................................................................... 60 Tableau 8. Différenciation entre populations de P. megakarya du Cameroun définies sur des bases géographiques. Valeur de l’indice Fst entre paires de populations ................................ 61 Tableau 9. Comparaison des assignations DAPC pour k=4 et k=5. ........................................ 65 Tableau 10. Distribution des 5 groupes STRUCTURE et des individus mal assignés dans les zones géographiques définies sur l’ensemble de l’échantillon. ............................................... 69 Tableau 11. Comparaison entre la DAPC (k=5) et STRUCTURE (k=5) ................................ 71 Tableau 12. Distribution des 7 clusters Geneland dans les zones géographiques définies sur l’ensemble de l’échantillon. ..................................................................................................... 74 Tableau 13. MLG présents au Gabon et à Sao-Tomé .............................................................. 76 Tableau 14. Distribution des 5 groupes génétiques dans les zones géographiques définies sur l’ensemble de l’échantillon de P. megakarya. ......................................................................... 77 Tableau 15. Diversité génique et richesse allélique dans les 5 groupes génétiques de P. megakarya définis sur l’échantillon de P. megakarya en Afrique. .......................................... 79 Tableau 16. Indices Fst par paires de groupes génétiques identifiés dans l’échantillon de P. megakarya en Afrique. ............................................................................................................. 80 Tableau 17. Diversité génique et richesse allélique des groupes génétiques de P. megakarya au sein des 6 zones géographiques définies au Cameroun. ...................................................... 80 Tableau 18. Fréquences dans les 5 groupes génétiques des allèles présents aux 12 loci dans le groupe MC. ............................................................................................................................... 83 11
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