Thèse Mfegue - Montpellier SupAgro

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TABLE DES MATIERES INTRODUCTION GENERALE ....................................................................................... 13 I. Les maladies émergentes chez les végétaux..................................................................... 14 1. Problématique de l’émergence ...................................................................................... 14 2. Mécanismes d’émergence d’un agent pathogène .......................................................... 15 3. Centre d’origine et centre de diversité d’un agent pathogène ....................................... 18 II. Déterminants du succès invasif des agents pathogènes ................................................... 20 4. Approche biologique ..................................................................................................... 21 a. Cycle de vie de l’agent pathogène ................................................................................. 21 c. Capacité de dispersion ................................................................................................... 23 5. Composante génétique du processus invasif ................................................................. 24 6. Approche écologique et évolutive ................................................................................. 25 III. Présentation du pathosystème .................................................................................... 27 1. Le cacaoyer: « food of the gods » ................................................................................. 27 2. Les Phytophthora pathogènes du cacaoyer ................................................................... 31 IV. Objectifs de la thèse ................................................................................................... 37 CHAPITRE 1 ORIGINE ET DIVERSITE DE P. MEGAKARYA EN AFRIQUE ............................... 39 I. Introduction ...................................................................................................................... 40 1. Historique du cacaoyer en Afrique ................................................................................ 40 2. Etat des connaissances sur les centres d’origine et de diversité putatifs et la distribution de P. megakarya. .................................................................................................................. 43 a. Données historiques ...................................................................................................... 43 b. Aire de distribution de P. megakarya ; hôtes sauvages et hôtes potentiels ................... 45 c. Diversité et structure génétique de P. megakarya ......................................................... 45 4. Objectifs des études de populations dans cette thèse ....................................................... 47 6
II. Matériels et méthodes ....................................................................................................... 47 1. Echantillonnage ............................................................................................................. 47 2. Détermination du signe sexuel ...................................................................................... 52 3. Développement de marqueurs moléculaires ................................................................. 52 4. Méthodes d’analyse ....................................................................................................... 52 III. Résultats ..................................................................................................................... 54 1. Signe sexuel et mode de reproduction ........................................................................... 54 2. Structure des populations .............................................................................................. 56 IV. Discussions et perspectives ....................................................................................... 84 1. Mode de reproduction ................................................................................................... 84 2. Existence d’une population hybride .............................................................................. 85 3. Où est le centre de diversité et d'origine de P. megakarya? .......................................... 85 CHAPITRE 2 DYNAMIQUE SPATIALE ET TEMPORELLE DE LA POURRITURE BRUNE DANS DES PARCELLES CACAOYERES AU CAMEROUN ..................................... 88 I. Introduction ...................................................................................................................... 89 1. Méthodes de lutte .......................................................................................................... 89 a. La lutte chimique ........................................................................................................... 89 2. Connaissances épidémiologiques .................................................................................. 92 c. Mécanismes de dispersion de P. megakarya ................................................................. 94 3. Objectifs de l’étude ....................................................................................................... 95 II. Matériels et méthodes ....................................................................................................... 96 1. Détection de P. megakarya dans le sol ......................................................................... 96 2. Sites d’étude .................................................................................................................. 98 3. Dispositif expérimental ................................................................................................. 99 4. Production et sévérité de la maladie ............................................................................ 100 5. Analyse non-spatialisée ............................................................................................... 102 7
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