Thèse Mfegue - Montpellier SupAgro

augmenté de façon significative ; (iii) qui a récemment évolué génétiquement ; ou (iv) dont la
découverte est récente. Les changements environnementaux, la domestication d’espèces
sauvages, l’augmentation des échanges et l’intensification des systèmes de production sont
autant de facteurs pouvant expliquer l’émergence ou la réémergence des maladies des plantes.
2. Mécanismes d’émergence d’un agent pathogène
L’apparition d’un agent pathogène fait partie de son histoire évolutive, laquelle détermine en
partie son potentiel d’adaptation à l’hôte. Il est donc nécessaire d’en comprendre les
mécanismes. Dans un contexte d’émergence, Stukenbrock et McDonald (2008) proposent 3
modèles évolutifs pour les agents pathogènes de plantes : (1) le « host-tracking », qui indique
une coévolution de l’agent pathogène avec son hôte pendant la domestication de ce dernier ;
(2) le saut d’hôte à partir d’espèces natives, suite à l’introduction d’espèces végétales dans des
zones de prévalence de l’agent pathogène ; (3) le transfert horizontal de gènes. Ces
mécanismes ne sont pas exclusifs, et ils peuvent se combiner pour expliquer de façon plus
réaliste certaines émergences. A titre d’exemples, un saut d’hôte peut suivre un transfert
horizontal tout comme un « host tracking » peut être précédé d’un saut d’hôte.
a. Le « host-tracking »
La domestication des plantes à partir d’espèces sauvages favorise la sélection simultanée de
certains génotypes de la plante et de génotypes adaptés de l’agent pathogène. Ce dernier co-
évolue avec son hôte dans les nouveaux agro-écosystèmes, et suit les migrations de l’hôte lors
de l’expansion de la culture (Stukenbrock and McDonald, 2008). C’est le cas de P. infestans
dont l’histoire évolutive suggère une co-évolution avec la pomme de terre au cours de sa
domestication. Une étude généalogique a ainsi établi un « host-tracking » à partir des Andes
des haplotypes de P. infestans responsables de l’épidémie aux Etats-Unis, et de la grande
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