Taxonomia, distribuição geográfica e filogenia do gênero Codium

Oliveira-Carvalho, M. F. Taxonomia, distribuição geográfica e filogenia ... 67
de Codium coletadas no Brasil e as seqüências das espécies importadas do GenBank
(Tabela 2) foram alinhadas utilizando o programa ClustalW dentro do BioEdit (Hall
1999). O alinhamento gerado foi inspecionado visualmente. Seqüências correspondentes
aos primers de amplificação e regiões terminais 5’e 3’ foram removidas dos
alinhamentos gerando uma matriz de 50 seqüências com 613 posições. Posteriormente
foi incluída nessa matriz a seqüência de Bryopsis plumosa (Hudson) C. Agardh
(GenBank accession nº. AB038480) para as análises feitas com grupo externo.
Inferências filogenéticas. Todas as análises filogenéticas foram feitas no
programa PAUP 4.0b8 (Swofford 2000). O modelo evolutivo apropriado foi
selecionado no Modeltest (Posada & Crandall 1998). Foram feitos dois conjuntos de
análises, um gerando árvores não enraizadas e outro onde foi adicionada a seqüência de
Bryopsis plumosa como grupo externo. Para as árvores sem o grupo externo (não
enraizadas), o modelo escolhido, estimado a partir dos dados da matriz, foi GTR+I+G
(no AIC - Akaike Information Criterion) com as seguintes freqüências de base: A =
0.3239, C = 0.1049, G = 0.1882, T = 0.3830. O modelo de substituição de bases foi
determinado como [A↔C] = 1.1316, [A↔T] = 0.4761, [A↔G] = 1.1661, [C↔G] =
1.1588, [G↔T] = 1.0000, e [C↔T] = 1.7783. A proporção de sítios invariáveis
considerada foi de 0.6589 e o parâmetro de distribuição gama foi de 0.6103 para taxa de
heterogeneidade em sítios variáveis. As árvores foram inferidas a partir de três métodos
distintos: distância, máxima parcimônia e máxima verossimilhança. Para o método de
distância, foi construída uma árvore de neighbour-joining (NJ) (Saitou & Nei 1987)
com o modelo de substituição de Tamura & Nei (1993). A árvore de máxima
parcimônia (MP) foi inferida por busca heurística. Foram considerados 115 sítios
informativos. Para ambos os métodos descritos acima os ramos foram rearranjados pelo