Taxonomia, distribuição geográfica e filogenia do gênero Codium

Oliveira-Carvalho, M. F. Taxonomia, distribuição geográfica e filogenia ... 70
variaram de 1,9% (15 nucleotídeos) entre C. intertextum e C. spongiosum a 10,2% (80
nucleotídeos) entre C. intertextum e C. isthmocladum.
Inicialmente para as análises filogenéticas foram selecionadas todas as
seqüências do éxon 1 do rbcL de Codium disponíveis no GenBank, com isso a matriz
inicial ficou com 126 seqüências de tamanhos variados. Devido à limitação
computacional para analisar uma matriz tão grande, as seqüências geradas neste
trabalho foram enviadas para o Dr. Verbruggen (Ghent University) que fez uma análise
preliminar com sua matriz com 328 seqüências de Codium (a maioria ainda não
disponível nos bancos de dados). A partir dessa análise, foram selecionadas 41
seqüências representativas dos ramos principais, eliminando aquelas cuja seqüência era
muito curta ou que se encontravam posicionadas em ramos longos para evitar distorções
na árvore (“long branch attraction”; Holland et al. 2003). Além disso, foram incluídos
todos os táxons próximos às amostras brasileiras analisadas por nós. A partir dessa
seleção de táxons, foi gerada uma matriz com 50 seqüências, incluindo as seqüências
brasileiras, que foi analisada de forma não-enraizada através de três diferentes métodos
de inferência filogenética, “neighbour-joining” (NJ), máxima parcimônia (MP) e
máxima verossimilhança (ML), representadas respectivamente pelos anexos 2, 3 e 4. A
Fig 1 resume os resultados encontrados nas três análises.
As mesmas análises foram realizadas a partir da mesma matriz com 50
seqüências, mas com a adição de Bryopsis plumosa como grupo externo, gerando as
seguintes árvores enraizadas “neighbour-joining” (NJ), máxima parcimônia (MP) e
máxima verossimilhança (ML), representadas respectivamente pelos anexos 5, 6 e 7. A
Fig. 2 resume os resultados encontrados nas três análises.