Taxonomia, distribuição geográfica e filogenia do gênero Codium

Oliveira-Carvalho, M. F. Taxonomia, distribuição geográfica e filogenia ... 68
algoritmo “tree bisection-reconnection” (TBR) e foram feitas análises de “bootstrap”
(Felsenstein 1985) com 2000 replicatas.
A árvore de máxima verossimilhança (ML) foi inferida por busca heuritica
rápida. As outras especificações foram estimadas pelo Modeltest, conforme descrito
acima para a árvore de NJ. A reamostragem por “bootstrap” foi feita para 100 replicatas
devido a limitações computacionais. As mesmas análises de inferências filogenéticas
para NJ, MP (com 1000 replicatas de “bootstrap” cada) e ML (com 100 replicatas de
“bootstrap”) foram repetidas conforme descrito acima para a mesma matriz, mas com a
adição de um grupo externo (B. plumosa) gerando, desse modo, árvores enraizadas. Para
essa matriz de 51 seqüências e 613 posições foi feita nova análise no Modeltest (Posada
& Crandall 1998) e o modelo selecionado foi GTR+I+G (no AIC - Akaike Information
Criterion) com as seguintes freqüências de base: A = 0.3273, C = 0.1108, G = 0.1800, T
= 0.3818. O modelo de substituição de bases foi determinado como [A↔C] = 1.0458,
[A↔T] = 0.4877, [A↔G] = 1.1583, [C↔G] = 1.1262, [G↔T] = 1.0000, e [C↔T] =
1.7616. A proporção de sítios invariáveis considerada foi de 0.6382 e o parâmetro de
distribuição gama foi de 0.5857 para taxa de heterogeneidade em sítios variáveis.
Para todas as análises, os valores de “bootstrap” foram considerados baixos até 70%,
moderados de 71% a 90% e altos acima de 90%.
RESULTADOS
Foram feitas extrações de DNA para 25 amostras de Codium sendo que dessas
para 24 foi possível obter produto de PCR com os primers 12-34F e 799-778R que
amplificam o éxon 1 do gene rbcL. Apenas para a amostra identificada como C.
intertextum coletada na Praia do Rio Vermelho, Bahia, não foi possível amplificar e
seqüenciar esse marcador molecular. Entretanto, o não sequenciamento desta amostra