Echerichia coli kasvu heterogeensus ja toksiin-antitoksiini süsteemid

SisukordSisukord........................................................................................................................................... 2Kasutatud lühendid.......................................................................................................................... 3Sissejuhatus ..................................................................................................................................... 41.Kirjanduse ülevaade ..................................................................................................................... 51.1.Fenotüübiline heterogeensus bakteripopulatsioonides .......................................................... 51.1.1. Bistabiilsus .................................................................................................................... 51.1.2. Bistabiilsuse tekkemehhanismid ................................................................................... 61.1.3. Müra ja bistabiilsus........................................................................................................ 81.1.4. Persistorid .................................................................................................................... 101.2. Toksiin-antitoksiin süsteemid............................................................................................. 121.2.1. Üldine ülevaade ........................................................................................................... 121.2.2. Toksiin-antitoksiin süsteemide jaotus ......................................................................... 142. Eksperementaalosa .................................................................................................................... 162.1. Materjal ja metoodika......................................................................................................... 162.1.1. Bakteritüved ja plasmiidid........................................................................................... 162.1.2. Söötmed....................................................................................................................... 172.1.3. Transformatsioon......................................................................................................... 182.1.4. Elektroporatsioon ........................................................................................................ 182.1.5. DNA eraldamine ja kloneerimine................................................................................ 182.1.6. Plasmiidi integreerimine bakteri genoomi................................................................... 192.1.7. HipA külmatundliku tüve HM22 kasvu uurimine....................................................... 202.1.8. Külma-ja kuumatundlike E.coli mutantide kasvu uurimine........................................ 202.1.9. BW25113 ja BW25113 ∆relBE tüvede statsionaarsest faasist väljumise võrdlemine.212.1.10. BW25113 ja BW25113 ∆relBE bakterite käitumise võrdlus aminohappenäljatingimustes............................................................................................................................. 212.1.11. Toksiinide üleekspressiooni võrdlus E. colis. ........................................................... 222.1.12. Voolutsütomeetriline analüüs.................................................................................... 222.2. Tulemused ja arutelu .............................................................................................................. 232.2.1. Mittejaguneva bakteripopulatsiooni teke peale HipA aktivatsiooni............................ 232.2.2. Külma-ja kuumatundlike E. coli mutantide kasvu uurimine....................................... 252.2.3. Bakterite jagunemine peale TA toksiinide üleekspressiooni....................................... 282.2.4. relBE ei mõjuta bakterite jagunemisvõimet statsionaarsest faasist väljudes............... 302.2.5. relBE ei mõjuta bakterite jagunemist peale aminohappenälga.................................... 34Kokkuvõte ..................................................................................................................................... 37Toxin-antitoxin systems and heterogeneity of growth in Echerichia coli..................................... 38Kasutatud kirjandus ....................................................................................................................... 392