A Figurer og tabeller til Kapitel 3 - dirac - Roskilde Universitet

22 Molekyledynamiksimuleringer〈V 〉 σ V 〈A〉 σ A 〈E〉 σ EDMPC 310 K 277366 789 3397 40.49 -38558.6 215.4DMPC 330 K 261987 837 3701 66.23 -28881.4 225.3Hexanol 310 K 110622 747 - - 15065.8 124.0Hexanol 330 K 117510 857 - - 16647.0 134.8DMPC/hex. 310 K 288166 782 3667 58.38 -37165.2 215.3DMPC/hex. 330 K 294498 901 4134 79.44 -23109.5 232.5Tabel 3.2 Termodynamiske størrelser. Alle simuleringerne er udført ved 1 atm.I undersøgelse af energien, E og σ E, er der midlet over den sidste halvdel afsimuleringen. Længder er i enheder af Å og energier er i enheder af kcal/mol.Koncentrationen af alkohol i membransimuleringerne er χ = 50 = 0.28.50+128at bemærke, at denne metode frembringer en fordeling af volumener, derikke er afhængig af valg af stemplets masse og kollisions frekvens [23].Denne fordeling er en Gaussfordeling, og fra variansen er det muligt atudregne kompressibiliteten. En sådan udregning kan findes i afsnit 3.3.3.Temperaturkontrollen er foretaget med Nosé-Hove chain metoden[52], og er implementeret i NAMD2 (se appendix C). Metoden frembringeret kanonisk ensemble ved brug af et sæt af dynamiske ligninger.3.1.2 Fordeling af hexanolTil start er der 25 hexanol molekyler i hvert monolag. For simuleringenved T = 310 K ses at et hexanolmolekyle skifter monolag efter ca. 91ns. Denne del af simuleringen er ikke medtaget i den videre analyse. Forsimuleringen ved T = 330 K skifter et hexanolmolekyle monolag efter ca.7 ns. I analysen af dette dobbeltlag er der derfor 24 hexanolmolekyleri det nederste monolag, z < 0, og 26 i det øverste monolag, z > 0. Dader benyttes en kartesisk kasse med periodiske rande vil arealet af de tomonolag være ens. Dette virker ufysisk da antallet af acylkæder ikke erdet samme. Forskellen i antal acylkæder er dog kun på 2 / 128+25 = 1%, sådet har givet vis ikke den store betydning.Overførslen fra det ene monolag til det andet forekommer indenfor 1-2 ns. På simuleringens tidskalaen er det en sjælden begivenhed, der dogforekommer. For en nærmere undersøgelse permabiliteten ville det væreoplagt at foretage en simulereing, hvor der trækkes i et hexanolmolekylemed konstant hastighed. Fra en sådan simulering kan ændringen af denfri energi af molekylet som funktion af membrandybden, z, findes fradG(z)/ dz = 〈F z (z)〉, hvor 〈F z (z)〉 er den middelkraft der skal trækkes medfor at opretholde konstant hastighed.3.2 Termodynamiske størrelserInden for et kraftfelt er alle termodynamiske størrelser givet og fra simuleringerneer det muligt at findet dem alle. Man skal dog være opmærksom