A Figurer og tabeller til Kapitel 3 - dirac - Roskilde Universitet

38 MolekyledynamiksimuleringerFra simuleringerne er s a,b (r) fundet ved at tælle antallet af b atomeri kugleskaller med tykkelsen dr = r 2 − r 1 = 0.1 Å omkring a atomer.Volumet 4πr 2 dr er fundet som volumet af kugleskallen, V k.skal = 4 3 π(r3 2 −r 3 1 ). På figur 3.7 ses parkorrelationen for det 3. kulstof i fedtsyrekæden(C23 og C33) og det 11. kulstof (C211 og C311) i fedsyrekæden. Derer vist fra en membran med hexanol og uden hexanol. Der ses dårligerepakning i den inderste del af membranen (C211 og C311) ved tilsætningaf hexanol.3.7 Orientering af acylkæderOrdenparameteren, S CD , karaktiserer ordnen af acylkæderne i membranen.S CD kan bestemmes eksperimentelt med NMR [68] og kan fra ensimulering udregnes som〈 3S CD =2 cos2 (θ) −2〉1 , (3.36)hvor θ er den lokale orientering af kæden, som vist på figur 3.8. Forbindelsentil NMR anes idet 3 2 cos2 (θ) − 1 2genkendes som vinkelafhængighedenaf et dipolfelt [29].Som vist på figur 3.8 findes θ som vinklen mellem membranens planog forskydningsvektoren mellem C og H i en methylengruppe. Der gælderaltså at cos 2 ∆z(θ) = 2∆x 2 +∆y 2 +∆z, hvor ∆x = x 2 C − x H , ∆y = y C − y H og∆z = z C − z H . For en kæde kun med transkonformationer og uden tiltvil |S CD | = 1 / 2 . Ved øget uorden i form af tilt og ciskonformationer isystemet vil |S CD | være mindre.På figur 3.9 ses ordensparameteren ved 310 K og 330 K. Ved øgettemperatur ses som forventet øget uorden.Det ses at hexanolmolekylerne er mindre ordnede end fedtsyrekæderne(ved den samme dybde). Ved tilsætning af hexanol bliver fedtsyrekædernemere ordnet i den øverste del af membranen. Ved 310 Kbliver fedtsyrekæderne mere uordnet omkring midtplanet ved tilsætningaf hexanol. Ved 330 K ses dette ikke.S CD kan virke som en abstrakt størrelse, mens fordelingen af cis-/trans-konformationer virker mere intuitiv.For fire på hinanden kulstof atomer i acylkæden defineres en dihedralvinkel, φ d , se figur 3.1 og 3.10. På figur 3.11 ses fordelingen af vinkler somfunktion af φ d for udvalgte atomer (310 K). De lokale maksima svarertil cis- og trans-konformationen. På 3.11 ses forholdet mellem trans- ogciskonformationer for dihedrale vinkler ned gennem acylkæden. Der erbåde vist for en membran med hexanol og en membran uden hexanol.Kvalitativt ses det samme som på figur 3.9.Det øgede antal ciskonformationer i bunden af membranen kan forklaresved at fedtsyrekæderne skal udfylde pladsen under hexanolmolekylerne.