A Figurer og tabeller til Kapitel 3 - dirac - Roskilde Universitet

26 MolekyledynamiksimuleringerA DMPC A mol A kædeK A / kb TDMPC (310 K) 53.09 53.09 26.54 2.07DMPC/hexanol (310 K) 57.30 41.20 23.97 1.08DMPC (330 K) 57.84 57.84 28.92 0.84DMPC/hexanol (330 K) 64.59 46.45 27.01 0.67Tabel 3.3 Middelareal pr. phospholipid, A DMPC [Å 2 ], pr. molekyle, A mol [Å 2 ],pr. kæde A kæde [Å 2 ] samt arealkompresibiletetsmodulet [Å −2 ]. Størrelsene erfundet som beskrevet i afsnit 3.3 ved at bruge tallene i tabel 3.2.For DMPC findes eksperimentelt et areal pr. lipid på 59.6 Å 2 ved30℃ [58]. Som det fremgår af tabel 3.2 findes et areal pr. lipid på A l =3397Å 264= 53.1Å 2 og A l = 3701Å264= 57.8Å 2 ved hhv. T = 37℃ og T =57℃, altså et areal der er for lille.Lindahl & Edholm [46] har simuleringet DPPC 5 med forskellige systemstørrelser. På baggrund af deres resultater vil man med en systemstørrelse på 128 lipider få et areal der er for lille med ca. 1 Å 2 pr. lipid,hvilket altså ikke er nok til at forklare afvigelsen. Membranen vil undergåundulationer, og den fundne A DMPC vil være underestimeret i forhold tilet mikroskopisk areal. Jeg vil ikke at forskellen er stor. En undersøgelseaf denne påstand vil kræve en nærmere analyse af undulationernen imembranen.Forklaringen på det underestimeret areal skal nok nærmere findes iparametriseringen af kraftfeltet. Dette er der delvist rettet op på ved atændre kerneladningerne i hovedgruppen. En bedre løsning af problemeter et større arbejde, der ligger uden for dette projekt. Membranen derundersøges her vil give et realistisk indblik i en perturberet membran.3.3.1 Det specifikke partielle arealDet er ikke nogen overraskelse at arealet af membranen øges når dertilsættes mere stof (tabel 3.2). Det er derfor mere interessant at se påareal pr. molekyle,A mol =2XYN DMPC + N hexanol. (3.10)DMPC har i midlertidigt to acylkæder mens n-hexanol har en og detvirker derfor mere naturligt at se på arealet pr. acylkæde,A kæde =2XY2N DMPC + N hexanol. (3.11)En sidste interessant størrelse er areal pr. DMPC (ligning 3.9), der fortællerhvor meget plads PC hovedgruppen har. I tabel 3.3 ses arealerne.På A kæde ses at hexanol virker reducerende på areal.5 DPPC: di-palmitoyl-phosphatidyl-cholin. DPPC har to ekstra methylengruppe ifedsyrekæderne, men ligner ellers DMPC, se tabel 2.1.