A Figurer og tabeller til Kapitel 3 - dirac - Roskilde Universitet

More documents

Recommendations

Info

$Guide to Imfufa LaTeX - dirac$

60 SmåvinkelrøntgenspredningEn måde at normere, er så integralet af hovedgruppe-Gaussfunktionerneer 1. For ligning 4.18 findes at,∫N = G hovedgruppe dz = ρ 0 A (4.31)For den asymmetriske model normeres mht. til den inderste Gaussfunktion,og samme N findes. Om der normeres mht. den inderste eller ydersteGaussfunktion har ikke den store betydning som det fremgår af ligning4.28.4.3.4 Elektrontæthed og massetæthedEt vandmolekyle vejer 18 g/mol og har 10 elektroner (1.80 u/e), en mehylengruppe(CH 2 ) vejer 14 g/mol og har 8 elektroner (1.75 u/e), en PO 4vejer 95 g/mol og har 47 elektroner (2.00 e/u), en N(CH 3 ) 3 vejer 59 g/molog har 34 elektroner (1.74 u/e). Som det fremgår er der tilnærmelsesvisproportionalitet mellem antal elektroner og masse. Omregningsfaktorenmellem massetæthed og elektrontæthed kan findes tilg/mle/Å 3 =1g · 1ml −11.8 · 1.660541 × 10 −24 g · 10 3·8 −1= 0.33, (4.32)mlidet en elektron sættes til at være ensbetydende med 1.8 atomare-enhedsmasser,u = 1.660541 × 10 −24 g [7].Profilerne fra simuleringen, figur 3.4, viser at maksimum for den relativemassetæthed er omkring 0.3 g/ml. Da massetæthed og elektrontætheder tilnærmelsesvis proportionale kan der skaleres således at dette eropfyldt,N = max(ρ) . (4.33)0.3Ved denne skalering, vil den numeriske værdi af ˜ρ(z) omtrentlig passemed den faktiske massetæthed.Proportionaliteten mellem elektrontæthed og massetæthed er en tilnærmelse.For en bedre beskrivelse er det nødvendigt at tage højde forforskellige gruppers elektron/masse forhold og ladnings forskydninger.PC hovedgruppen er eksempelvis en twitterion, hvor der er flyttet enladning. Derudover er elektronerne generelt placeret i en elektronsky,mens massen er placeret i et punkt.4.3.5 Spredning fra multilamellare vesiklerDet er ikke muligt at fjerne alle MLV, og da de spreder meget pga. dengentagende struktur, er det nødvendigt at udbygge modellen således atden tager højde for dette. Antages det, at der ikke er interferens mellemvesiklerne, kan intensiteten fra en punktformig prøve findes somI p (q) ∝ I ULV (q) + A b I MLV (q), . (4.34)
4.3 Model 61For A b = 0 haves ikke noget lipid i MLV-struktur mens der for voksendeA b generelt haves mere lipid i MLV.Spredningensintensiteten fra en stak af lipiddobbeltlag tilfældigt orienteretkan findes som [27, 62]I MLV (q) ∝ |F dobbeltlag(q)| 2 S(q)q 2 , (4.35)hvor S(q) er strukturfaktoren. Da I MLV (q) blot skal bruges som en korrektion,er det tilstrækkeligt at approksimere strukturfaktoren med ensum af Gaussfunktioner (se figur 4.12),S(q) = ∑ n=1A n√2πσ2bexp(− (q − n · q 0) 22σ 2 b). (4.36)Som det fremgår af ligning 4.35 skal S(q) ganges med |F (q)| 2 , og pågrund af at denne er stærkt aftagende for q 0.25 Å −1 (se figur 4.12),er det nok med to led i summen;1S(q) = √ exp(− (q − q 0) 2 )2πσg2 2σb2 + 1 / 2√ exp2πσ2b(− (q − 2q 0) 2(4.37)q 0 indgår i modellen som en fitteparameter, da denne vil forventes at væreafhængig af alkohol koncentrationen, mens en spredning på σ b = 0.011er fastholdt. Denne værdi er fastsat på baggrund af et skøn. Denne σ bser ud til at give et godt fit, og i en prøve med forskellig mængde MLVfindes omtrentlig de samme fitteværdier.Der er ganget med en faktoren 1 / 2 på det andet led, så funktionenligner det målte spektre af MLV, se figur 4.12. Sammenlignes figur 4.12med 4.14 ses at σ b er bredere i de ekstruderede prøver end i de uekstruderede.Dette kan forklares ved at de MLV’er er mindre i den ekstruderedeprøve.A b fortæller hvor mange af de målte fotoner der kommer fra MLV.Forholdet mellem spredte fotoner fra ULV og MLV findes somN fotoner,MLVN fotoner,ULV=∫Ab I MLV (q)dq∫IULV (q)dq2σ 2 b).(4.38)(under antagelse af at modellen passer). For de viste spektrer er forholdet1%-3%, se figur 4.13. MLV spreder flere fotoner pr. phospholipid endULV, så antallet af lipider i MLV i forhold til i ULV struktur er mindreend N fotoner,MLV/ Nfotoner,ULV .4.3.6 Instrumentel udtværingDet er nødvendigt at tage højde for den endelige størrelse af strålebundteti retningen vinkelret på detectortråden, x, kaldet instrumentel udtværing(fra det engelske smearing). Intensitetsbidrag fra prøven skal summeres
Page 1 and 2:
Strukturelle ændringer af en phosp
Page 3:
3ResuméTitel: Strukturelle ændrin
Page 6 and 7:
6En tak til alle, der har bidraget
Page 8 and 9:
8 Indhold3.9.1 Kommentarer til kraf
Page 11 and 12: 2 IntroduktionI det næste gives en
Page 13 and 14: 2.3 Partitionering af alkoholer 13z
Page 15: 2.4 Notationer 15For n-alkoholer ko
Page 18: 18 MolekyledynamiksimuleringerAr A,
Page 21 and 22: 3.1 Opsætning af simuleringer 21se
Page 23 and 24: 3.2 Termodynamiske størrelser 23p
Page 25 and 26: 3.3 Membranareal 257065DMPC (310 K)
Page 28 and 29: 28 Molekyledynamiksimuleringer3.3.2
Page 30 and 31: 30 Molekyledynamiksimuleringersom d
Page 32 and 33: 32 Molekyledynamiksimuleringer2mass
Page 34 and 35: 34 Molekyledynamiksimuleringer300.8
Page 36 and 37: 36 Molekyledynamiksimuleringerda de
Page 38 and 39: 38 MolekyledynamiksimuleringerFra s
Page 40 and 41: 40 Molekyledynamiksimuleringer0.3|S
Page 42 and 43: 42 Molekyledynamiksimuleringer1010.
Page 45: 3.9 Geometriske overvejelser 45Tall
Page 48 and 49: 48 Småvinkelrøntgenspredningk ind
Page 50 and 51: 50 SmåvinkelrøntgenspredningDetek
Page 52 and 53: 52 SmåvinkelrøntgenspredningQ1Q2i
Page 54 and 55: 54 Småvinkelrøntgenspredningsølv
Page 56 and 57: 56 Småvinkelrøntgenspredning0.2re
Page 58 and 59: 58 Småvinkelrøntgenspredning86420
Page 62 and 63: 62 Småvinkelrøntgenspredningop, d
Page 64 and 65: 64 Småvinkelrøntgenspredning76I [
Page 66 and 67: 66 Småvinkelrøntgenspredning4.3.1
Page 68 and 69: 68 SmåvinkelrøntgenspredningA Pho
Page 70 and 71: 70 SmåvinkelrøntgenspredningÅ og
Page 72 and 73: 72 Småvinkelrøntgenspredning86Cen
Page 74 and 75: 74 Småvinkelrøntgenspredning1.21.
Page 76 and 77: 76 Småvinkelrøntgenspredningfor v
Page 78 and 79: 78 SmåvinkelrøntgenspredningRene
Page 80 and 81: 80 Småvinkelrøntgenspredning18Tyk
Page 82 and 83: 82 Småvinkelrøntgenspredninger go
Page 85 and 86: 5 Afsluttende bemærkningerI dette
Page 87: 87SAXS målingerne viser, at densit
Page 91 and 92: A Figurer og tabeller til Kapitel 3
Page 93 and 94: 930.070.060.050.040.030.020.010-30
Page 95 and 96: 95DMPCDMPC/HXOL330 K 〈z〉 σ z
Page 97 and 98: 9710.90.80.7∆ z hf=12.91∆ z mem
Page 100 and 101: 100 Figurer og tabeller til Kapitel
Page 110 and 111:
110 Figurer og tabeller til Kapitel
Page 112 and 113:
Page 114 and 115:
Page 116 and 117:
Page 118 and 119:
118
Page 120 and 121:
120 Inputfiler til NAMD4 DMPC 1 DMP
Page 122 and 123:
122 Inputfiler til NAMDCTL1 CL 200.
Page 124 and 125:
124 Inputfiler til NAMD## force fie
Page 126 and 127:
126 Inputfiler til NAMDpsf-Filerne
Page 128 and 129:
128 Diskussion af metode til bestem
Page 130 and 131:
130 Diskussion af metode til bestem
Page 132 and 133:
132
Page 134 and 135:
134 Litteratur[13] Cantor, R. S. [1
Page 136 and 137:
136 Litteratur[46] Lindahl, E. & Ed
Page 138:
138 Litteratur[76] Tristam-Nagle, S
show all

A Figurer og tabeller til Kapitel 3 - dirac - Roskilde Universitet

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?