A Figurer og tabeller til Kapitel 3 - dirac - Roskilde Universitet

42 Molekyledynamiksimuleringer1010.1[a.u.]0.010.0012. vinkel4. vinkel6. vinkel8. vinkel0.00010 π/2 πφ dantal trans- pr. ciskonformation6543Ren membranMembran med hexanol2 4 6 8 10nummer φ di fedtsyrekædeFigur 3.11 Øverst vises fordelingen af udvalgte dihedrale vinkler (φ d ) i en renmembran ved 310 K. Med 2. vinkel menes φ d defineret udfra atomerne C22,C23, C24 og C25 plus dem fra C32, C33, C34 og C35. Med 3. vinkel menesφ d defineres udfra atomerne C23, C24, C25 og C26 plus dem fra C33, C34,C35 og C36. De øvrige vinkler følger systematikken. Det første maksimumpå funktionen svarer til ciskonformationen og det andet maksimum til transkonformationen som angivet på figur 3.10. Der er anvendt logatitmisk andenakse. Til venstre for den anses konformationen for at være cis og til højre forat være trans. Nederst vises forholdet mellem cis- og transkonformationer nedgennem acylkæden i en ren membran samt en membran med hexanol ved 310K.