Rapport d'activités 2004 - FNR

01/04/09
FNR
Création d’une nouvelle compétence en bioinformatique et
d’une plate-forme d’analyse génique à grande échelle (puces à ADN).
Centre de Recherche Public Santé
Personne(s) de contact: Evelyne Friederich, CRP Santé et CNRS
Adresse e-mail: evelyne.friederich@crp-sante.healthnet.lu
Site internet du projet: www.microarray.lu
Partenaire(s): Centre de ressources SANTEC, CRP Henri Tudor, Laboratoire national de la Santé
Durée: 1 er février 2002 – 31 juillet 2004
Contribution FNR: 823.922 €
Prolongation éventuelle: 30 mois (acceptée); contribution max. FNR de 576.078 €
Prix: Evelyne Friederich a reçu le second prix d’honneur de la Fondation Internationale pour la Substitution
de l’Expérimentation Animale (FISEA).
La plate-forme nationale d’analyse génomique a pour vocation de faciliter l’accès des laboratoires de
recherche, publics ou privés, à l’utilisation des puces à ADN et aux différentes étapes de leur analyse.
Elle regroupe trois pôles d’activité: un groupe d’ingénierie des bio-puces qui conçoit et fabrique les
microarrays, réalise les expériences d’analyse transcriptomique et en analyse les résultats avec le soutien,
d’une part, d’une équipe d’imagerie compétente dans l’analyse et la qualité optique des bio-puces, et
d’autre part, d’un groupe de bioinformatique et de biostatistique.
L’année 2004 aura vu l’achèvement de la première phase du projet et la concrétisation de ses objectifs
avec la mise en place des différentes équipes, du matériel et de méthodologies validées en interne. La
plate-forme aborde aujourd’hui la seconde phase du projet qui consiste à valider ses compétences en
se fondant sur une application en cancérologie focalisée sur l’étude de la transition épithélium mésenchyme
(EMT), une étape-clef de la formation des tumeurs invasives.
Un des principaux points de l’activité de la plate-forme en 2004 aura été la validation de ses compétences
en matière de conception de microarrays «à façon». Ainsi, un premier prototype d’une bio-puce dédiée à
l’étude de l’expression des gènes impliqués dans le cytosquelette d’actine (ACTIchip) a été réalisé à
l’aide d’oligonucléotides longs désignés en utilisant un programme informatique développé en interne.
La bio-puce a été validée en comparant ses performances avec celles de microarrays commerciaux à
cDNA ou à oligonucléotides courts. Les tests, réalisés sur des échantillons biologiques standardisés,
ont montré des niveaux comparables de spécificité et de sensibilité entre les différentes bio- puces.
Sur la base de ces bons résultats, le second prototype d’ACTIchip a été mis en œuvre, qui inclue près
de 2000 spots correspondant à 364 gènes reliés au cytosquelette, ainsi que 60 contrôles de qualité. Cette
bio-puce sera mise à profit pour l’étude de tumeurs invasives.
Les autres activités de la plate-forme ont été principalement centrées sur la mise au point de procédures
permettant l’analyse et la validation statistique des données de microarrays, leur archivage, ainsi que
leur exploitation bioinformatique à l’aide des bases de données biologiques et des logiciels installés
localement. Une suite de logiciels d’analyse d’image a été finalisée qui est dotée d’un nouvel algorithme
permettant une meilleure détection automatique des spots présents sur les microarrays et une évaluation
de leur qualité optique. Enfin, les trois pôles de la plate-forme ont poursuivi leurs efforts en
matière de veille technologique, d’assistance et de formation auprès des utilisateurs, de diffusion et
de valorisation de l’information scientifique et technique auprès du grand public, et de mise en place
de collaborations au plan national et international.
La plate-forme est aujourd’hui impliquée dans plusieurs projets de recherche, fondamentale et appliquée,
dans des domaines très variés allant de la détection d’organismes pathogènes et d’allergènes, à l’étude
de pathologies complexes, telle que la maladie d’Alzheimer.
60
Biosan