Rapport d'activitÃ©s 2004 - FNR

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01/04/09 FNR Création d’une nouvelle compétence en bioinformatique et d’une plate-forme d’analyse génique à grande échelle (puces à ADN). Centre de Recherche Public Santé Personne(s) de contact: Evelyne Friederich, CRP Santé et CNRS Adresse e-mail: evelyne.friederich@crp-sante.healthnet.lu Site internet du projet: www.microarray.lu Partenaire(s): Centre de ressources SANTEC, CRP Henri Tudor, Laboratoire national de la Santé Durée: 1 er février 2002 – 31 juillet 2004 Contribution FNR: 823.922 € Prolongation éventuelle: 30 mois (acceptée); contribution max. FNR de 576.078 € Prix: Evelyne Friederich a reçu le second prix d’honneur de la Fondation Internationale pour la Substitution de l’Expérimentation Animale (FISEA). La plate-forme nationale d’analyse génomique a pour vocation de faciliter l’accès des laboratoires de recherche, publics ou privés, à l’utilisation des puces à ADN et aux différentes étapes de leur analyse. Elle regroupe trois pôles d’activité: un groupe d’ingénierie des bio-puces qui conçoit et fabrique les microarrays, réalise les expériences d’analyse transcriptomique et en analyse les résultats avec le soutien, d’une part, d’une équipe d’imagerie compétente dans l’analyse et la qualité optique des bio-puces, et d’autre part, d’un groupe de bioinformatique et de biostatistique. L’année 2004 aura vu l’achèvement de la première phase du projet et la concrétisation de ses objectifs avec la mise en place des différentes équipes, du matériel et de méthodologies validées en interne. La plate-forme aborde aujourd’hui la seconde phase du projet qui consiste à valider ses compétences en se fondant sur une application en cancérologie focalisée sur l’étude de la transition épithélium mésenchyme (EMT), une étape-clef de la formation des tumeurs invasives. Un des principaux points de l’activité de la plate-forme en 2004 aura été la validation de ses compétences en matière de conception de microarrays «à façon». Ainsi, un premier prototype d’une bio-puce dédiée à l’étude de l’expression des gènes impliqués dans le cytosquelette d’actine (ACTIchip) a été réalisé à l’aide d’oligonucléotides longs désignés en utilisant un programme informatique développé en interne. La bio-puce a été validée en comparant ses performances avec celles de microarrays commerciaux à cDNA ou à oligonucléotides courts. Les tests, réalisés sur des échantillons biologiques standardisés, ont montré des niveaux comparables de spécificité et de sensibilité entre les différentes bio- puces. Sur la base de ces bons résultats, le second prototype d’ACTIchip a été mis en œuvre, qui inclue près de 2000 spots correspondant à 364 gènes reliés au cytosquelette, ainsi que 60 contrôles de qualité. Cette bio-puce sera mise à profit pour l’étude de tumeurs invasives. Les autres activités de la plate-forme ont été principalement centrées sur la mise au point de procédures permettant l’analyse et la validation statistique des données de microarrays, leur archivage, ainsi que leur exploitation bioinformatique à l’aide des bases de données biologiques et des logiciels installés localement. Une suite de logiciels d’analyse d’image a été finalisée qui est dotée d’un nouvel algorithme permettant une meilleure détection automatique des spots présents sur les microarrays et une évaluation de leur qualité optique. Enfin, les trois pôles de la plate-forme ont poursuivi leurs efforts en matière de veille technologique, d’assistance et de formation auprès des utilisateurs, de diffusion et de valorisation de l’information scientifique et technique auprès du grand public, et de mise en place de collaborations au plan national et international. La plate-forme est aujourd’hui impliquée dans plusieurs projets de recherche, fondamentale et appliquée, dans des domaines très variés allant de la détection d’organismes pathogènes et d’allergènes, à l’étude de pathologies complexes, telle que la maladie d’Alzheimer. 60 Biosan
FNR 01/04/11 Sans expression de Snail F-ACTINE Sans expression de Snail E-CADHERINE L’expression de Snail F-ACTINE Sans expression de Snail F-ACTINE Un modèle cellulaire pour étudier la progression tumorale: L’une des étapes-clefs de la progression des tumeurs d’origine épithéliale est la transition épithélium mésenchyme (EMT). Cette transition est caractérisée par une modification radicale de la morphologie et du comportement des cellules qui deviennent invasives et capables de se disséminer dans l’organisme. Afin d’étudier ce mécanisme sur le plan transcriptomique, une lignée cellulaire stable a été établie par la plate-forme d’analyse génomique à partir de cellules d’adénocarcinome de glande mammaire (tumeur du sein) en implantant un gène codant pour un facteur de transcription, Snail, dont l’expression peut être initiée à volonté et provoque une EMT. Les clichés de microscopie d’épi fluorescence montrent la localisation de deux marqueurs cellulaires importants, l’actine filamenteuse et la E-cadhérine, dans des cellules de cette lignée avant et après l’induction de l’expression de Snail qui provoque d’évidentes modifications morphologiques. Une analyse transcriptomique approfondie des modifications induites par Snail est actuellement en cours. Elle met à profit une bio-puce dédié à l’étude du cytosquelette, ACTIchip, qui a été mise au point par la plat-forme. Vaccines against low molecular antigens: novel strategies and application (TOBAVAC) Laboratoire National de Santé Personne(s) de contact: Claude Muller, Institut d’Immunologie, LNS Adresse e-mail: claude.muller@lns.etat.lu Site internet du projet: www.etat.lu/LNS Partenaire(s): Département des Sciences, Université du Luxembourg Département de Psychologie, Université du Luxembourg Durée: 1 er juin 2002 – 30 mars 2006 Contribution FNR: 773.509 € Prolongation éventuelle: 30 mois, contribution maximale FNR de 772.994 € Publications scientifiques «référées»: » S. De Buck, Patrick Augustijns and Claude Muller. Specific antibody modulates absorptive transport and metabolic activation of benzo[a]pyrene across Caco-2 monolayers*. Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics 2005. » S. de Buck, C. Ensch, W. Ammerlaan, A. Brandenburger, C. Muller. The molecular and cellular mechanism of an immunoprophylactic intervention against benzo(a)pyrene. Carcinogenesis 2005. » S. de Buck. C. Muller. Immunoprophylactic approaches against chemical carcinogenesis. Vaccine special issue 2005. La combustion incomplète de matière organique fossile ainsi que la cigarette peuvent conduire à une exposition considérable de la population aux hydrocarbures aromatiques polycycliques. C’est notamment le cas du benzo[a]pyrène, carcinogène connu de la fumée de cigarette, qui serait susceptible d’augmenter le risque de cancer. L’objectif de ce présent projet est de développer une stratégie immuno- prophylactique fondée sur l’utilisation de vaccins conjugués afin de protéger l’organisme contre ces xénobiotiques carcinogènes. Les anticorps monoclonaux ont été produits par immunisation du benzo[a]pyrène conjugué à un carrier. Biosan 61
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