MAP - Magazine Alumni Politecnico di Milano #9 - PRIMAVERA 2021

3 COVID-19: RESEARCH UPDATE
#Bioinformatica #Openaccess #Varianti #Covid-19
VIRUSURF: IL MOTORE DI RICERCA
OPEN ACCESS CHE SURFA TRA LE
VARIANTI DI COVID-19
di Giancarlo Cinini
Si chiama ViruSurf, sviluppato dall’Alumnus Stefano Ceri e dal suo
gruppo: raccoglie le sequenze di SARS-CoV-2 di diverse banche
dati, per fare ricerche e capire mutazioni e varianti.
STEFANO CERI
Docente di Database System
Dipartimento di Elettronica,
Informazione e Bioingegneria
Alumnus Ingegneria
Elettronica
«Nonostante si parli sempre più di
varianti, ben pochi in Italia depositano
davvero sequenze virali per conoscere
come cambia il genoma virale», spiega
Stefano Ceri, professore del Politecnico
e ideatore, assieme al suo gruppo, di
ViruSurf. ViruSurf è un motore di ricerca
che permette di consultare i dati delle
sequenze del Coronavirus che provengono
dalle quattro principali banche dati
mondiali, dove vengono depositate le
sequenze. «Con ViruSurf si possono fare
delle ricerche mirate su una variante,
per esempio, per sapere in quali paesi
di diffonde e come cresce nello spazio e
nel tempo. È un supporto bioinformatico
aperto, per chi fa ricerca nel campo». Il
database di ViruSurf si trova su server
del gruppo, al dipartimento di Elettronica,
Informazione e Bioingegneria e al
momento accoglie 650 mila sequenze,
che aumentano di 50 mila ogni mese.
Il progetto è stato pubblicato a ottobre
sull’importante rivista Nucleid Acid
Research (https://academic.oup.com/
nar/article/49/D1/D817/5921283), «una
rivista ad alto impatto, nota perché ogni
anno ospita la descrizione dei principali
database di tipo biologico, ma il cui titolo
agli informatici dice ben poco». Ceri e il
suo gruppo non si sono fermati e stanno
lavorando a un nuovo strumento aperto,
per visualizzare comparativamente i
risultati delle ricerche su ViruSurf e
rendere così evidente la diffusione delle
varianti e la loro co-occorrenza.
ViruSurf nasce durante il primo lockdown.
«Eravamo contenti di dare un contributo
alla ricerca sui virus: abbiamo fatto
meeting quasi quotidiani, trasformando il
lockdown in un periodo molto costruttivo
e operativo, coinvolgendo nel lavoro
di progettazione e realizzazione molte
persone del gruppo», spiega il docente.
« È stata anche una bella esperienza:
abbiamo dovuto dimostrare molta
coesione e impegno per aprire un nuovo
campo di ricerca, tutto attraverso attività
a distanza. Così è nato ViruSurf, che è
diventato il progetto più significativo che
abbiamo affrontato nell’ultimo anno».
L’interesse del gruppo prima dell’inizio
della pandemia era concentrato sulla
genomica (nel contesto del progetto
Genomic Computing finanziato da ERC)
e aveva prodotto tra i suoi principali
risultati il motore di ricerca GenoSurf. «C’è
sembrato importante far tesoro di questa
expertise di raccolta e integrazione dei
dati per dirottarla sulla virologia. Così
abbiamo costruito un modello dei dati e
intervistato una ventina di esperti virologi,
tra cui Ilaria Capua e Stephen Tsui, uno
dei virologi che ha combattuto con
successo la SARS a Hong Kong. Con loro
abbiamo cercato di capire quale risorsa
informatica fosse maggiormente utile alle
loro ricerche. Così abbiamo progettato il
database e il motore di ricerca».
«Tre delle banche dati che alimentano
ViruSurf sono completamente pubbliche,
ma una di loro, GISAID, non ha una
politica completamente open access»,
precisa Ceri. «Per questo abbiamo
dovuto fare una lunga trattativa. Alla
fine GISAID ha concesso di pubblicare
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